企业所得税按一定的营业收入税率征收。对于公共机构，应将营业余额用作计税基础，并且不能扣除营业费用。
1.确认营业应税收入和支出
（1）正确分类收入类别
机构收入是当年收到的各种类型的资金，无论是金融资金还是其他资本收入，都应计入当年单位的总收入，只有一种特殊情况是它属于国家投入的资金使用资金后本金的返还除外。计算企业所得税时，应首先按照税法的有关规定，根据各类基金的性质进行分类，分为非应税所得和营业应税所得。
1.非应税收入
确定公共机构的非应税收入是计算公司所得税的重点和难点。将税法的非应税收入与公共机构的会计制度进行比较表明，预算管理中公共机构会计中包含的财政补贴上级收入和补助性收入与税法规定的非应税收入基本相同。它被批准为非应税收入。不能简单地确定该机构的营业收入和其他营业外收入。应该根据税法进行分析。财务管理部门，无论是税务部门还是财务部门都指定了特殊用途。
2.经营应税收入
营业应税收入等于公共机构的总收入减去非应税收入。确定应纳税所得额时，应当注意，以独立经济核算单位为纳税人的公共机构可以享受国家统一规定的税收优惠政策。每个事业单位除了可以确认应纳税所得额和不缴纳企业所得税外，还可以根据本单位的生产经营内容，主动向税务机关申请统一的减免税政策。免征企业所得税。
第二，调整公共机构会计制度与税法之间的差异
在正确划分了业务应税收入和支出之后，应调整税法与业务单位会计制度之间的差异。在此，仅说明业务单位会计与税法之间的差异。
（1）调整收支确认原则的差异。
（2）会计调整，例如固定资产，无形资产，累计折旧和累计摊销。