根据《个人所得税法实施条例》第8条第1款：“薪金和工资收入是指工资，薪金，奖金，年终工资增长，劳动红利，津贴，补贴和获得的补贴。由个人为自己工作或就业。与就业有关的其他收入。 ”
员工的上下班费用不是免税旅行津贴。差旅津贴是为公务旅行提供的相应津贴。因此，用工资支付的通勤津贴不免税，应计入工资收入中预扣个人所得税。
员工上下班的通勤费用不是免税的旅行津贴。差旅津贴是为公务旅行提供的相应津贴。因此，用工资支付的往返工作的通勤津贴不免征个人税，应计入预扣个人所得税的计算中。
根据财政部的《关于加强企业职工薪酬财务管理的通知》：
如果企业为员工提供运输，住房和通讯服务，并且已经实施了货币化改革，则将按月支付或每月支付的运输补贴或车辆改革补贴，住房补贴和通讯补贴将予以支付。直接付款个人或提供报销账单后付款的个人，已经形成了基于标准“总成本”人工成本的定期补偿机制，并且具有工资性质。因此，应将其计入员工的工资总额中，而不再计入员工福利管理中。
员工福利是企业为员工提供补偿的一种辅助形式。企业应参照历史一般水平合理控制职工福利费在职工总收入中的比例。根据《企业财务通则》第四十六条，企业不承担职工福利费支出。
运输补贴需缴纳个人所得税。
由于补贴属于工资和薪金，因此，根据规定，个人将获得工资，薪水，奖金，年终薪金增长，劳动红利，津贴，补贴和与自己的就业有关的其他收入。也就是说，只要个人获得的收入与就业或就业相关，无论其单位的资本支出渠道如何，或以现金，实物，有价证券等形式支付，工资薪金所得项目的应税对象。
因此，运输补贴也要缴纳个人所得税。
扩展配置文件：
相关法律法规：
根据《关于加强企业职工薪酬财务管理的通知》：
（1）为雇员的医疗保健，日常生活等发放或支付的各种现金补贴和非金钱利益，包括现场雇员的医疗费用，尚未支付的雇员的医疗费用尚未实施医疗统筹，以及员工对其直系亲属的支持医疗补贴，员工休养费，自雇雇员食堂的补贴或失业雇员食堂的统一午餐供应，根据国家有关金融法规的供暖补贴以及防暑和冷却费。
（2）企业内部集体福利部门尚未分离的设备，设施和人员开支，包括雇员福利食堂，雇员洗手间，美发室，医疗办公室，托儿所，疗养院，集体宿舍等集体福利部门设备，集体福利部门工作人员的设施折旧，维修费和工资，社会保险费，住房公积金，人工费及其他人工费。
（3）员工困难补贴，或由企业专门设立和管理的用于帮助和救济困难员工的支出。
（4）退休人员的报销费用，包括退休人员的医疗费用和退休人员的其他费用。企业改组离退休人员有关费用的重组，按照财政部《关于企业改组职工离职费用财务管理的通知》（财企[2009] 117号）的规定执行。否则国家规定。
（5）按照规定产生的其他员工福利费，包括丧葬费，退休金，员工搬迁费，仅子女费用，家庭旅行费以及企业员工福利费的定义，但不包括在此范围内注意每个条款项目中的其他支出。
2.如果企业为员工提供的交通，住房和通讯待遇已经货币化，则应将按月支付或每月支付的住房补贴，交通补贴或车辆改造补贴或通讯补贴包括在内。的工资总额不再计入职工福利费管理；如果尚未实施货币化改革，则将企业产生的相关支出作为职工福利费，但根据国家有关企业住房制度改革政策的统一规定，不再可以购买。并为员工盖房子。
企业为没有统一餐点的员工发放的假日补贴和每月午餐补贴应包括在工资总额管理中。
百度百科-个人所得税
中国政府关于企业加强职工福利费财务管理的净通知