以四川省为例，根据《关于印发《四川省区域总部企业所得税分配和预算管理暂行办法的通知》》，该市总部企业所得税的申报流程为：如下：
根据统一规定的原则，并考虑到总公司和分支机构以及该省的利益，属于省内总分公司和县分公司的企业应缴纳的企业所得税县市财务管理系统，实行“统一计算分级管理”，“现场预付款，简要清算和财务调整”。
总公司当前应纳税额是总公司所占份额的25％，每个分支机构（包括总公司所处位置）的总应纳税额为25％，已支付的应纳税额的25％省级分配的收入由省财政按一定比例在城市（县）和试点县（市）之间分配。
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根据川府发[2014] 9号文件，中央政府和地方政府共同承担的企业所得税占中央政府财政份额的60％，占地方省市的40％ ，而扩大电力的试点县（市）为35个。：比率为65，并且该省不参与三个州和内陆民族自治县（包括民族待遇县）（以下简称“民族地区”）的公司所得税共享。
参考资料：百度百科全书-四川省跨地区总公司企业所得税分配与预算公告
跨省市总部机构缴纳的企业所得税，由中央和地方共同承担，实行“统一计算，分级管理，地方预付款，简易清算，“库房调整”法，由总部计算的应税金额的本地份额的25％由总部分配，每个分支机构的份额分配50％，区域之间分配的份额为25％分配。
统一计算意味着居民企业应计算所有企业（包括所有非合法商业组织）的应税收入总额和应纳税额。总公司，分支机构适用税率不一致的，按照适用税率计算应纳税所得额。
分级管理是指居民企业的总部和分支机构，由当地税收机关监督和管理。
就地预付是指居民企业的总部和分支机构，应按本办法规定的每月或每季度向当地主管税务机关申报并预付企业所得税。 。
摘要清算是指总行在年底后计算的年度应纳税所得额和应缴所得税额，由当年总行和分支机构缴纳的预付企业所得税抵销付款后，将获得更多退款。
财政库存调整是指财政部根据批准的系数，定期调整分配给中央省财政部省际和市级分支机构的企业所得税的税率。
省际和市级分支机构企业是指在各省（自治区，中央直辖市和计划分开的城市）建立了没有法人资格分支机构的居民企业。