根据国家税务总局《关于企业所得税法若干税收问题实施的通知》（国税函〔2010〕79号），在转让协议出台后，应当确认企业股权收益的转让。生效，股权变更程序完成。股权转让收入从取得股权发生的成本中扣除，即为股权转让收益。“企业在计算股权转让收益时，不得按照股权的可能分配扣除被投资企业的未分配利润和股东的其他未分配利润。”
也就是说，如果B在C中的初始投资为1000万元，并且由于投资收益而使净资产高于实收资本，那么B会将其持有的45％的股权转让给A ，并且年底需要结算。缴纳企业所得税（540-1000×45％）×20％= 18万元。
当然，公司所得税必须在年底结算。如果B可以计算当年的更多支出，或者如果前几年有损失需要补偿，则也可以避免该所得税。
根据现行的《财政部，国家税务总局关于企业改制业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009] 59号），收购方购买的股权不少于被收购公司的股权收购时，收购方占全部股权的50％，支付的金额不少于交易总付款额的85％，则收购方的股权对被收购公司的税基为基于原始确定税基。换句话说，如果使用基于股份的付款，则确认收入为零。
此外，通知第6条第6款规定，非股权付款仍应确认交易期间相应的资产转让损益，并调整相应资产的税基。这是：
对应于非股权支付的资产转让损益=（转让资产的公允价值-转让资产的税基）×（非股权支付的金额÷转让资产的公允价值）
当然，请注意，此方法属于通知第5条中指定的“特殊重组”。 “特殊重组”需要同时满足以下条件（必须“同时满足”！）操作时请注意：
①具有合理的商业目的，并不旨在减少，免除或推迟纳税。
②所收购，合并或拆分部分中的资产或权益比例符合本通知中指定的比例。
③重组资产在企业重组后连续12个月内不得改变其原有的实质性经营活动。
④重组交易的对价中涉及的股权支付金额符合本通知规定的比例。
⑤在企业重组中获得股权支付的原始大股东不得在重组后的12个月内转让所购股权。
如果单位使用货币资金以外的其他非货币资产进行收购，则可以遵循《国家税务总局关于非货币性资产投资企业所得税政策有关问题的通知》（财税[2014]第116号）第1条的规定（“居民企业确认为外商投资非货币性资产的非货币性资产转让的住所，可以在不超过5年的期限内分期平均分配到相应年度的应纳税所得额中，并按规定计算并支付企业所得税“）处理）。除上述特殊情况外，可以根据一般取得收入确认，即售价减去支付对价（包括股权支付部分，因为支付比例未达到相应标准）的情况予以确认。
股权收购的定价也是一个大问题，涉及税务部门以及收购方和被收购方的主要股东。这可能是一个漫长而艰难的过程。希望引起足够的重视。这里不再重复。
参考规定：
1.《财政部和国家税务总局关于企业改制业务企业所得税待遇若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）。
2.财政部和国家税务总局关于非货币性资产投资企业所得税政策有关问题的通知（财税[2014] 116号）