1.佣金应视为工资收入，并申报并缴纳个人所得税。
2.实际缴纳和预扣的个人所得税佣金可以全额扣除，作为企业所得税的税前扣除；
3.与增值税无关。
为50,000绩效奖金而扣除公司所得税是不合理的。企业所得税是对企业而不是对个人征收。根据协议约定，企业违反规定可以申请劳动仲裁。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第1条，在中华人民共和国境内，企业和其他创收组织（以下统称为企业）是纳税人。企业所得税，应当依照本法规定缴纳企业所得税。该法律不适用于个人独资和合伙企业。一个
扩展配置文件：
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第6条规定了《个人所得税法》规定的各种个人收入：
（1）薪金和薪金收入是指薪金，薪金，奖金，年终薪金的增加，劳动红利，津贴，补贴和与该人因任命或受聘而获得的就业相关的其他收入就业。
（2）劳务报酬是指从事劳务工作的个人所获得的收入，包括设计，装修，安装，制图，测试，测试，医疗，法律，会计，咨询，讲座，翻译，审稿等，书画，雕刻，影视，录音，录像，表演，演出，广告，展览，技术服务，介绍服务，经纪服务，代理服务及其他劳务收入。
（3）手稿报酬是指个人以出版书籍，报纸和期刊的形式出版和出版其作品而获得的收入。
（4）特许权使用费收入是指个人提供使用专利权，商标权，版权，非专利技术和其他特许权的权利所获得的收入；提供版权使用权所获得的收入不包括手稿收入。