跨地区项目部预缴税款：总公司应将项目实际营业收入的0.2％预分配给项目所在地，以征收企业所得税，而项目部应预付给当地主管税务机关（仅用于省际，自治区，直辖市和计划分开的城市。对于非跨省，异地建设，国家不要求预先缴纳企业所得税。
总公司预付的税款：扣除项目部门预付的企业所得税后，将根据总余额在总公司所在地预付。
根据国税函[2010] 156号《关于跨区域建筑企业所得税征收管理有关问题的通知》：由建筑企业总部直接管理的跨区域项目部门以0.2为基础。项目实际营业收入的百分比总公司或每季度按季度将公司所得税预分配给项目所在地，项目部门应提前向当地主管税务机关缴纳。
建筑企业总公司应按照下列方法计算企业应缴纳的所得税总额并预缴：
（1）如果总部只有一个跨地区的项目部门，则在扣除项目部门预付的企业所得税后，将根据其余额当场支付；
（2）总部只有两个分支机构的，应按照国税发[2008] 28号的规定计算总部和分支机构的应纳税额；
（3）如果总公司既有跨地区项目部门直接管理，又有跨地区二级分支机构，则应先扣除项目部门预缴的企业所得税，然后按照国税[2008] 28号文件编号规定了总公司和分支机构应缴税款的计算方式。
文件进一步规定，建筑企业总部应按有关规定办理企业所得税的年度结算和清算，分支机构和项目部门不得进行结算。当总部的年终最终所得税的支付额少于预付税额时，总部的税务机关应对退税额进行处理或扣除下一年应缴纳的企业所得税。
公司所得税应在单位所在地的主管税务局缴纳。根据规定，施工企业应当向施工现场（场外）税务局缴纳增值税，城市建设税和教育附加费。所得税在建筑工地预缴，并在公司所在地结算。
法规
《国家税务总局关于建筑企业所得税征收管理有关问题的通知》（国税函〔2010〕39号），涉及跨地区经营。关于建筑施工企业所得税征收管理问题的通知如下：
1.实行一般，分事业单位制的跨地区经营建筑企业，应严格按照国税发〔2008〕28号的规定，按照“统一计算，分级管理，局部预付款，简易清算”的规定执行。和财务调整“计算和缴纳企业所得税的方法。
2.跨地区的建筑公司设立的不符合二级分支机构要求的项目管理部门（包括项目指挥部门和与项目经理部门性质相同的合同部门）应为：汇总到总部或二级分支机构组织按照国税发[2008] 28号文件的规定统一计算并计算和缴纳企业所得税。
3.地方税务机关违反本通知的收集和管理文件，应予以暂停和改正；未按规定收取企业所得税的，应当及时退回对于企业。未按照本通知要求进行更正的，国家税务总局将按照执法责任制的有关规定严肃处理。
《国家税务总局关于建筑业企业所得税征收管理有关问题的通知》（国税函〔2010〕39号）基本解决了目前异地建设企业收取企业所得税的问题。根据施工现场的征收率征税对于全国的建筑公司来说，这是“好消息”。自从该文件于2010年1月26日发布以来，如果2009年的建筑业企业已在施工现场被地方税务机关征收了企业所得税，则它有权要求地方税务机关将其退还。
国家税务总局关于跨地区建筑企业所得税征收管理有关问题的通知
国税函[2010] 156号
省，自治区，中央直辖市以及计划分立的城市的国家税务局和地方税务局：
为了加强对跨地区（指省，自治区，中央直辖市和计划分开的城市的经营企业）的所得税的征收和管理，根据以下规定： 《中华人民共和国企业所得税法》及其实施规定，《中华人民共和国《共和国税收征收管理法》及其实施细则，以及《国家税务总局关于印发〈区域性营业税缴纳企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）。关于建筑施工企业所得税征收管理问题的通知如下：
1.实行一般分支机构制度的跨地区建筑企业，应严格按照国税发[2008] 28号的规定，按照“统一计算，分级管理，现场预付款，简易清算，仓库的财务调整”计算并缴纳企业所得税。
其次，由建筑企业下属的第二级或下级分支机构直接管理的项目部门（包括与项目部门性质相同的项目总部和合同部门，下同）不现场缴纳企业所得税。营业收入，职工工资和总资产汇总到二级分行进行统一核算，二级分行应按照国税发[2008] 28号文件的规定，预先缴纳企业所得税。 。
3.由建筑企业总部直接管理的跨区域项目部门，应由总部每月或每季度按实际费用的0.2％预分配公司所得税到项目所在地。项目营业收入当地主管税务机关预先付款。
IV。建筑企业总部应当计算企业应缴纳的所得税总额，并按照以下方式预缴：
（1）如果总部只有一个跨地区的项目部门，则在扣除项目部门预缴的企业所得税后，将根据其余额在本地支付；
（3）如果总公司既有直接管理的跨地区项目部门又有跨地区第二级分支机构，则应先扣除由项目部门预付的企业所得税，然后在按照国税[2008] 28号文件编号规定了总公司和分支机构应缴税款的计算方式。
五，建设企业总部应当按照有关规定办理企业所得税的年度结算和清算，分支机构和项目部门不得进行结算。当总部的年终最终所得税的支付额少于预付税额时，总部的税务机关应对退税额进行处理或扣除下一年应缴纳的企业所得税。
六。跨区域运营的项目部门（包括由第二级以下分支机构管理的项目部门）应向项目主管税务机关颁发项目所在地主管税务机关签发的《对外经营活动税收管理证书》。项目的位置。如果提供了上述证明，项目部门所在地的主管税务机关应督促其补正期限；无法提供上述证明的，应当作为独立纳税人现场缴纳企业所得税。同时，项目部门应向地方税务主管部门提供总行出具的证明文件，证明项目部门属于总行或二级分支机构的管理部门。