《国家税务总局国家税务总局关于企业工资，薪金和职工薪酬扣除有关问题的通知》（国税函〔2009〕3号）第3条第（2）款规定： ，居住，住房，交通等。政府发放的各种补贴和非货币性福利，包括企业支付给职工的外地医疗费，未进行医疗咨询的职工的医疗费，职工直系亲属的医疗补助，取暖费补助等，并为员工预防中暑费用，员工辛苦补贴，救济费，员工食堂资助，员工交通补贴等。”
因此，每年组织员工进行身体检查属于组织的范围，这可以扣除公司所得税前的员工福利费用（不超过总工资的14％）
无需扣除个人所得税，可以使用体检发票扣除。
根据《个人所得税法》
第4条以下个人收入免征个人所得税：
1.由省级人民政府，国务院各部委和人民解放军上级单位以及国外颁发的科学，教育，技术，文化，卫生，体育，环境保护等奖项组织和国际组织；
2.国家债务和国家发行的金融债券的利息；
3.根据国家统一规定发放的补贴和津贴；
4.福利费，退休金和救济金；
五，保险赔偿；
第六，军事服务调动费和遣散费；
7.按照国家统一规定支付给干部和职工的安置费，退休金，退休工资，退休工资和退休生活津贴；
8.各国大使馆，领事官员和其他使馆和领事馆其他人员的收入，应按照中国的有关法律予以免税；
9.中国政府签署的国际公约和协定规定了免税收入；
10.国务院财政部门批准的免税收入。
它属于员工福利，我认为不应将其纳入工资和缴纳个人所得税中。
企业工作性质所需的体检费用，不得征收个人医疗所得税；具有福利性质的体检费，应当纳入当期工资和职工的工资收入中，以代扣个人所得税。
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（2008年《中华人民共和国国务院令第519号》）第8条规定，税法第二条所述的个人收入为：
薪金和薪金收入是指薪金，薪金，奖金，年终薪金的增加，劳动红利，津贴，补贴以及与个人所从事的工作有关的收入。
扩展配置文件：
根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第40条：
允许扣除企业产生的不超过工资总额14％的员工福利费用。国家税务总局关于企业工资，薪金和职工福利金扣除的通知规定，职工福利费包括下列支出：企业为职工的医疗保健，生活，住房和社会福利所支付的各种补贴和非货币性福利。运输。
如果是公司工作性质所需的体检费用，则不应征收个人所得税；如果是具有福利待遇性质的体格检查费，则应将其纳入员工的当期工资和工资收入中，并按规定扣留。支付他们的个人所得税。