工资总额中应包括各种津贴和补贴，超过3500元需要缴纳个人所得税
员工上下班的通勤费用不是免税的旅行津贴。差旅津贴是为公务旅行提供的相应津贴。因此，用工资支付的往返工作的通勤津贴不免征个人税，应计入预扣个人所得税的计算中。
根据财政部的《关于加强企业职工薪酬财务管理的通知》：
如果企业为员工提供运输，住房和通讯服务，并且已经实施了货币化改革，则将按月支付或每月支付的运输补贴或车辆改革补贴，住房补贴和通讯补贴将予以支付。直接付款个人或提供报销账单后付款的个人，已经形成了基于标准“总成本”人工成本的定期补偿机制，并且具有工资性质。因此，应将其计入员工的工资总额中，而不再计入员工福利管理中。
员工福利是企业为员工提供补偿的一种辅助形式。企业应参照历史一般水平合理控制职工福利费在职工总收入中的比例。根据《企业财务通则》第四十六条，企业不承担职工福利费支出。