由纳税人承担的社会保障和住房公积金可以在所得税结算中全额扣除
只要您提到的补充住房公积金不超过规定的标准，就可以在税前扣除。如果超过标准，则必须增加。
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十五条企业按照规定的范围和标准为职工缴纳基本养老保险费，基本医疗保险费和失业保险费。由国务院有关主管部门或省人民政府批准，扣除基本的社会保险费，例如工伤保险费，生育保险费和住房公积金。
《实施条例》第四十条，第四十一条，第四十二条所称“工资总额”，是指企业按照本通知第一条的规定实际支付的工资总额，不包括职工福利支出职工教育经费，工会经费，养老保险费，医疗保险费，失业保险费，工伤保险费，生育保险费，住房公积金等社会保险费。国有企业的工资不得超过政府有关部门规定的限额；超出部分不计入企业工资总额，在计算企业应纳税所得额时也不予扣除。