《企业所得税法》规定，企业在计算应纳税所得额时，可以扣除与成本有关的合理合理的支出，包括成本，费用，税收损失和其他费用。补偿金与企业的生产经营有关的，可以在企业所得税前扣除。法院判决企业支付赔偿金，因为没有发生应税行为，因此无法开具发票，企业可以依靠法院的判决文件和收款人开具的收据作为扣除证据。