A公司以现金方式支付了5000万元人民币。根据《企业所得税法》第七十一条的规定：以现金支付的投资资产，按购买价款计价。因此，甲企业在交易过程中应以现金及相关税金5,000万元作为取得股权投资的应纳税费用。会计处理按照适用于企业的会计制度规定进行。
公司股权转移有两种类型，个人转移和公司转移。如果公司的股权转让方是个人，则必须按20％的税率缴纳个人所得税。当股权转让方是一家公司时，涉及许多相关的税费。公司将股权转让给其他公司将涉及公司所得税，印花税和契税。
根据《企业所得税法关于某些税收问题的实施的通知》第3条，关于股权转让收入的确认和计算
企业的股权转让收入在转让协议生效且股权变更程序完成时予以确认。股权转让收入从取得股权发生的成本中扣除，即为股权转让收益。企业在计算股权转让收益时，不得根据股权的可能分配扣除被投资公司的未分配利润和股东的其他未分配利润。
扩展配置文件：
有限责任公司的股东权益转让方法：
1.股东将股权转让给其他现有股东，即公司内部的股权转让；
2.股东将其股权转让给除现有股东以外的其他投资者，即公司以外的股权转让。这两种形式之间的条件和程序存在一定差异。
（1）内部股份转让：资本股东依法相互转移资本，这是股东之间的内部行为。根据公司法的有关规定，可以更改公司的章程，股东名册和出资证书可能会产生法律效力。一旦股东之间发生权利纠纷，这可以作为标准。
（2）转让股份给第三方：当股东将资本转让给股东以外的第三方时，这是在公司外部转让的行为。必须通过工商行政管理部门更改注册。
参考资料：
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国家税务总局官方网站-《关于实施企业所得税法中某些税收问题的通知》