新所得税法实施后，非营利性医疗机构的医疗服务收入免征企业所得税。有利可图的企业要缴纳所得税。
财政部，国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知（财税[2000] 42号）：
2.营利性医疗机构的税收政策（1）营利性医疗机构所获得的收入应按规定征收各种税款。但是，为了支持营利性医疗机构的发展，如果营利性医疗机构获得的收入直接用于改善医疗和健康状况，则在获得医疗保险之日起三年内给予以下优惠执业注册：免征营业税；自行生产和自用的制剂免征增值税；对营利性医疗机构使用的房地产，土地，车辆和船舶免征房地产税，城市土地使用税以及车辆和船舶使用税三年免税期届满后，将恢复税收。（二）将盈利性医疗机构的药店分为独立的药品零售企业的，应当按规定征收各种税费。根据上述规定，营利性医疗机构必须缴纳企业所得税。
医院通常是公共福利，因此有一定的支持折扣，但是它们会根据它们是否有利可图来区分：
1.相同的部分：
1.自己生产和使用的制剂免征增值税；
2.需要预扣并缴纳个人所得税；
3.各种类型的应税合同，凭证，权利许可等均应加征印花税。
其次，区别
（1）非营利性医疗机构
1.以国家规定的价格获得的医疗服务收入免征各种税款。
2.对于自用房地产，土地，车辆和船舶，免征房地产税，城市土地使用税以及车辆和船舶使用税。
2.从事非医疗服务的收入，例如租金收入，财产转让收入，培训收入，外国投资收入等，应缴纳各种税款。非营利性医疗机构将直接利用非医疗服务收入改善医疗卫生服务条件。税务部门审查并批准应税所得后，可以扣除应税所得，并按其余额收取企业所得税。
（2）营利性医院
1.营业收入免于医疗服务收入；
2.自获得执业注册之日起，三年内将给予以下优惠：土地，车辆和船舶免征财产税，城市土地使用税以及车辆和船舶使用税。三年免税期届满后恢复税收（三年免税期届满后恢复税收）；
3.需要缴纳企业所得税；