分支机构应当按照《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条的规定，向营业所所在地的主管税务机关申报纳税。总公司和分支机构不在同一县（市）的，应当向各自所在地的主管税务机关报告。
经国务院财政税务部门或其授权的财政税务部门批准，总行可以集体向总行所在地的主管税务机关申报纳税。因此，如果分支机构已通过税务登记，则是独立的增值税纳税人，应分别申报和缴纳增值税。
经国务院财税部门或者国务院授权的财税主管部门批准，未办理税务登记的，总公司应当共同缴纳增值税。
扩展数据
从表面上看，总付款的实现只是税收方法的一种改变。但是，由于总付款，每个机构的损益都可以互相抵消对方的所得税，这部分减少了总企业的应纳税额。税收优惠。
这种方法的优点在于，它可以真实反映企业集团的财务状况，并可以更合理地计算企业集团征收的所得税。但是，总付款使税务机关更难以管理和监视企业集团的税收，而且更有可能发生税收漏洞。
所得税=应税收入*税率（25％或20％，15％）应税收入=总收入-非应税收入-免税收入-各种扣除额-上一年的亏损
例
某企业是居民纳税人，所得税税率为25％。 2014年，公司的业务运营如下：
（1）年销售收入6800万元，国债利息收入120万元
（2）年产品销售成本为3680万元
（3）年度营业税金及附加129万元，其中上缴消费税81万元，城市维护建设税34.23万元，消费税14.77万元
（4）年度产品销售费用1300万元（包括广告和宣传费用1150万元）
要求：
（1）计算2014年企业总利润
（2）根据利润总额调整纳税额，计算当年企业所得税（答案中的金额以万元为单位）
答案：
（1）总利润= 6800 + 120-3680-129.9-1300-1280-90-36 = 404.1万元
（2）要调整的项目如下：
1，国债利息收入不缴纳企业所得税，减少120万元。
2.广告费用的扣除上限= 6800 * 15％= 1020万元，这比本期发生的1150万元少，因此增加了130万元，而这130万元可结转以后的年度扣除额；
3.商务招待费：84 * 60％= 50.4万元，6800 * 0.5％= 340000元，因为34 <50.4，因此此期间商务娱乐的扣除限额为340,000元，应提高84-34 = 500,000元;
新产品研发费用可扣除50％：150 * 50％= 75万元，应减少75万元；
综上所述，公司所得税的应税收入= 404.1-120 + 130 + 50-75 + 5 + 10.8 + 8 = 412.9