自然人股东权益转让涉及的税费主要包括：
1.营业税：国家税务总局已明确表示，个人股权转让将不征收营业税；
2.印花税：按股权转让价格的十分之一双向征收，如果合同中的股权转让价格低于股权的合理价值，税务局可以调整股权转让价格；
3.个人所得税：根据合理的权益价值减去获得权益的成本和税费总额的20％。但是，如果满足以下条件之一，则可以在不支付税款或转让金额较低的情况下计算税款：
（1）可以产生有效的文件，证明被投资企业受到国家政策调整的重大影响，其生产和经营受到重大影响，导致股权低价转让；
（2）继承或转让股权给配偶，父母，子女，祖父母，祖父母，孙子女，孙子，兄弟姐妹，并直接向转让人提供支持维持义务的支持者或支持者；
（3）有关法律，政府文件或公司章程，以及有关材料充分证明转让价格合理真实，并证明公司员工所持股份的内部转让不能从外部转移；
（4）股权转让双方可以提供有效证据证明其合理性的其他合理情况。