《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第二十五条按照国家规定，由单位缴纳个人基本养老保险费，基本医疗保险费，失业保险费，住房公积金。由纳税人个人支付应纳税所得额。
计算公式：
个人所得税=（工资总额五险一金，个人一笔法定扣除额2000）*税率
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因此，在计算个人所得税时，首先要扣除个人支付的公积金，然后再计算个人税。
并且该单位支付的公积金未反映在总工资中，因此，计算该单位支付的公积金由于
未计入总工资，因此不会扣除。
从工资中扣除的住房公积金可以在计算个人所得税的应纳税所得额时扣除；个人住房贷款不能在扣除个人所得税之前扣除。
个人所得税是对个人（自然人）获得的各种应税收入征收的税款，用于调整税收征管机构与自然人（居民和非居民）之间的个人所得税征收社会关系法律规范与管理过程的总称。
个人所得税纳税人是指在中国有住所，或者没有住所但在中国居住了一年，没有在没有住所的情况下生活或居住少于一年但有来自中国的收入的个人包括中国公民，个体工商户，外国个人等。
《财政部和国家税务总局关于基本养老保险费，基本医疗保险费，失业保险费和个人所得税政策的通知》（财税[2006] 10号）第二条规定： “根据《住房公积金管理条例》，”建设部，财政部，中国人民银行关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见（管建金[2005] 5号）及其他规定，单位和个人不得超过上一年雇员平均月薪的12％。在此范围内，允许从个人应税收入中扣除实际支付的住房公积金。单位和职工缴纳的住房公积金月平均工资，不得超过职工所在地区所在城市的职工平均月工资。3次，具体标准按照当地有关规定执行。超过上述规定比例和标准的单位和个人缴纳的住房公积金，应当将其计入个人当期工资和工资性收入，并缴纳个人所得税。 ”