是否将政府补贴纳入应纳税所得额与企业是否为免税企业无关。如果符合财税[2011] 70号的规定，可以视为非应税收入。
根据《企业所得税法》第二十七条，从事农业，林业，畜牧业和渔业项目的农业企业可以免征企业所得税。
1.农业企业从事蔬菜，谷物，土豆，油料种子，豆类，棉花，大麻，糖，水果，坚果的种植，中药材的种植，林木，牲畜的种植和栽培。和家禽作物的种植，新品种的选择，林产品的收集，灌溉，林业，初级加工，兽医学，农业技术推广，农业机械的运营以及农业，林业，畜牧业和渔业服务项目的维护以及海洋收入钓鱼项目获豁免公司所得税。
农产品的初级加工范围，按照农业部财税[2008] 149号《享受企业所得税优惠政策的农产品初级加工范围（试行）》规定执行。财务与国家税务总局，自2008年1月1日起生效实施包括种植，畜牧业，渔业等三个主要类别，列出了30多种农产品的初加工，例如谷物的初加工，涉及多个产品的200多个过程。
2.从事花卉，茶及其他饮料作物和香料作物的种植的农业企业，海洋水产养殖和内陆水产养殖项目的收入将减半征收公司所得税。
根据《农民专业合作社法》的规定，农民合作社是基于农村家庭合同管理的类似农产品的生产者和经营者，或类似农业生产和管理服务的提供者和使用者。互助经济组织。农民专业合作社依法注册的，可以取得法人资格。农民专业合作社的设立，应当向工商行政管理部门报送有关文件，申请设立登记，领取营业执照。《企业所得税法》第1条明确规定，在中华人民共和国境内，企业和其他产生收入的组织是企业所得税的纳税人，应按照本法的规定缴纳企业所得税。新公司所得税法与原始税法不同的最显着特征之一就是公司所得税制度的实施。毫无疑问，农民专业合作社是企业所得税的纳税人，应按照规定缴纳企业所得税。但是，按照《农民专业合作社法》第五十二条的规定，农民专业合作社对国家规定的农业生产，加工，流通，服务和其他与农业有关的经济活动，享有相应的税收优惠。因此，农民合作社可以享受上述减免企业所得税政策的税收优惠。
（4）其他相关税种
根据上述税收政策，农民专业合作社可以享受与农业有关的经济活动的税收优惠为：
1.城市土地使用税。《中华人民共和国城市土地使用税暂行规定》（以下简称《城市土地使用税暂行规定》）第六条直接用于农林牧渔业生产。土地，免征城市土地使用税。财政部和国家税务总局《关于房地产税和城市土地使用税政策的通知》（财税[2006] 186号）“经营单位和个人免征城市土地使用税的问题采摘观光农业”明确指出：根据《城市土地使用税暂行规定》第六条，在城市土地使用税范围内经营采摘观光农业的单位和个人，以及直接用于采摘观光种植，繁育和繁殖的土地按照农林牧渔业生产用地的规定，免征城市土地使用税。掌握的关键是土地必须“直接用于农业，林业，畜牧业和渔业生产”，不得用于其他用途。如果不满足此目的，则必须缴纳城市土地使用税。
2.财产税。《国家税务总局关于解读房地产税和土地使用税特定税种范围的规定的通知》（国税发〔1999〕44号）鉴于经济发展发生了重大变化和城市建设，法规“与农民同住的房屋和土地无需缴纳财产税和土地使用税。 “这里同样强调“农业，林业，畜牧业和渔业用地”。
3.印花税。财税[2008] 81号规定，由农民专业合作社和社会成员签订的农产品和农业生产资料的买卖，免征印花税。这里需要区分的是内部和外部社会产品，农产品，非农产品和农业生产资料，非农业生产资料等。合格的免税和不合格的税收。
4.耕地占用税。《中华人民共和国耕地占用税暂行条例》第十四条第二款规定：建设直接为农业生产服务的生产设施，应占前款“占用林地，牧场，农田用水，农业水面和渔业水域滩涂对以农田建设的农田或提供农田的非农业建设，不征收税款。《中华人民共和国耕地占用税暂行规定实施细则》进一步阐明，《条例》第十四条所称直接服务于农业生产的生产设施，是指直接为农业生产服务而建造的建筑物和构筑物。 。具体而言：用于存储农业机械和种子，幼苗，木材和其他农产品的存储设施；种植和生产种子和幼苗的设施；畜禽养殖设施；木材打滑道路，运输道路；农业研究，测试和示范基地;野生动物保护，森林保护，森林病虫害防治，森林防火，木材检疫设施；专门用于农业生产服务的灌溉和排水，供水，电力供应，供暖，天然气供应，通讯基础设施；农业生产者是农业生产所必需的住宿和管理设施；直接为农业生产服务的其他生产设施。因此，农民专业合作社占用的耕地从事上述生产设施建设的，不征收耕地占用税，否则应当按规定征收。
5.车船税。《中华人民共和国车船税暂行条例》第三条规定，非机动车辆和船舶（不包括非机动驳船），拖拉机和钓鱼（捕鱼）渔船免于机动车辆和船艇。税收。
6.车辆购置税。财政部和国家税务总局《农业三轮车免征车辆购置税的通知》（财税[2004] 66号）规定，农业三轮车免征车辆购置税。农用三轮车是指具有柴油发动机，功率不大于7.4kw，负载能力不大于500kg，最大速度不大于40km / h的三轮机动车。
7.契税。《中华人民共和国契税暂行条例实施细则》规定，纳税人具有在荒山，沟渠，丘陵和荒滩上土地使用的权利，用于农业，林业，畜牧业和渔业生产免征契税。
其次，我们必须掌握税收征管的要求
（1）严格区分社会内部和外部。农民专业合作社销售的农产品必须由社会成员生产，非社会企业或个人由农民合作社购买再销售的农产品不得享受税收优惠。所谓“公司会员”，是指“具有民事行为能力的公民”，是从事与农民专业合作社业务直接相关的生产经营活动的企业，事业单位或社会团体。专业合作法。那些使用农民专业合作社提供的服务来承认并遵守农民合作社的规章并执行结社程序的人可以成为农民合作社的成员。“这里，农民合作社不是传统的村民委员会。或居委会。他的内涵很丰富。根据法律程序加入公司的人是“公司成员”，否则不是“公司成员”。
（2）有必要严格区分免税农产品和应税农产品。根据财税[2008] 81号文件，增值税一般纳税人必须向农民专业合作社购买免税农产品，才能按13％的税率计算增值税进项税额，这不属于农业免税范围。产品。那么哪些产品是“免税农产品”？根据财政部国家税务总局关于印发《农产品税收范围注释的通知》（财税字[1995] 52号），“农产品自产自销。生产者”是指直接从事植物种植，收割，动植物繁育，捕捞单位和个人销售的票据中所列的自产农产品，主要是指种植，养殖，林业，畜牧业和水产养殖业生产的各种动植物的初级产品。但是，单位和个人出售的外购农产品以及所购单位和个人生产和加工的农产品仍属于注释所列农产品的范围，不在免税范围之内；农业生产者使用自产农产品。经过筛分，风选，拣选，碾碎，干燥，甚至堆放等经过茶绿精制的精制茶，不得按照农业生产者销售的自产农产品的免税规定执行，并应严格执行有区别。
根据《财政部和国家税务总局关于提高农产品进项税率的通知》（财税[2002] 12号），自2002年1月1日起，一般增值税纳税人购买农业生产者销售的免税农产品的进项税额抵扣率从10％提高到13％，进项税额按购买价格计算为13％； “财政部，国家税务总局关于从小规模纳税人购买一般增值税纳税人的规定《关于印发农产品进项税额减免税问题的通知》（财税[2002] 105号）规定，从小规模纳税人购买农产品的一般增值税纳税人，可以按照《财税》的规定减征13％。 [2002] 12号文件扣除进项税的费率。向符合免税农产品要求的农民专业合作社购买的增值税一般纳税人，可以按13％的税率计算增值税进项税额。换句话说，对于不符合免税农产品条件的应税农产品，农民专业合作社在销售时必须考虑增值税问题。
（3）必须严格区分免税商品和应税商品。农民专业合作社经营的商品种类繁多，但“农膜，种子，苗木，化肥，农药，农机具”和“向会员出售”等6种商品可以免征增值税。 。为了保管，所有其他经营的商品必须按照规定申报并缴纳增值税。如果农民专业合作社是一般增值税纳税人，则必须准确计算进项税，销项税和应交增值税。根据《增值税暂行条例》第三条的规定：“同时经营不同税率的商品或应税劳务的纳税人，应当分别核算不同税率的商品或应税劳务的销售。税率。第十七条纳税人同时从事免税，减税项目的，应当单独核算免税和减税项目的销售额；如果未对销售进行单独核算，则不得免税或减税。 ”合作社要进行准确，准确的计算，严格区分免税商品，应税商品和不同税率产品的销售，否则不能享受低税率和免税政策。
（4）必须严格区分农业用途和非农业用途。营业税规定“土地使用权转让给农业生产者用于农业生产”，城镇土地使用税规定“直接用于农林牧渔业生产用地”，财产税规定土地使用，印花税规定为“与公司成员签订的农产品及农产品生产资料买卖合同”，耕地占用税规定为“直接服务于农业生产的生产设施的建设占用规定的农业用地”，契税规定为“纳税”在贫瘠的山区，沟渠，丘陵和贫瘠的海滩上拥有土地使用权的人，对于农业，林业，畜牧业和渔业生产中使用的“农业”应税项目，可享受免税优惠，而非农业项目则可享受免税优惠。应该按照规定申报并缴纳各种税款。
（5）准确计算应税收入和免税收入。《企业所得税法》第5条规定：“企业在每个纳税年度的总收入，扣除非应税收入，免税收入，各种扣除额后，可以弥补前一年的余额。损失，是应纳税所得额。依照规定经过准确核算，“农民专业合作社的“从事农林牧渔业项目的收入”可以免征企业所得税，也可以减免所得税。两种收入项目均可免税。公司所得税，以及减少公司所得税的收入项目。
根据《企业所得税法实施条例》第86条的规定：（1）从事下列项目的企业的收入免征企业所得税：
1.种植蔬菜，谷物，土豆，油，豆，棉花，大麻，糖，水果，坚果；
2.培育新的农作物品种；
3.中药材的种植；
4.林木的种植和种植；
5.饲养牲畜和家禽；
6.收集林产品；
7.农业，林业，畜牧业和渔业服务项目，例如灌溉，农产品初级加工，兽医，农业技术推广，农业机械运营和维护
8.海洋捕鱼。
（2）从事下列项目的企业的收入，应减半征收企业所得税：
1.种植花卉，茶和其他饮料作物以及香料作物；
2.海洋水产养殖和内陆水产养殖。
因此，有必要准确地划分和说明他们各自的收入。
3.必须完成所有相关的支持程序
（1）建立农民专业合作社。根据《农民专业合作社法》，合格的农民专业合作社应当办理登记手续，并按照《农民专业合作社法》进行登记，以获得法人资格。
《农民专业合作社法》第10条规定：“成立农民专业合作社应符合以下条件：（1）符合《中国农民专业合作社》第14条和第15条规定的成员不得超过5名。本法； （（二）有符合本法规定的宪法； （三）有符合本法规定的组织； （四）具有符合法律，行政法规规定的名称和宪法的住所； （5）有符合规定的会员“建立专业农民合作社应召集成立会议，所有成立者都应参加。成立时自愿加入社会的人是创始人。
根据《农民专业合作社法》，具有民事行为能力的公民以及从事与农民专业合作社业务直接相关的生产和经营活动的企业，机构或社会团体，可以使用服务，承认和遵守农民专业合作社的章程，并履行加入协会的程序，可以成为农民合作社的成员。农民专业合作社应当保留会员花名册，并向登记机关报告。在其成员中，农民应至少占成员总数的80％。会员总数少于20人的，规定一个企业，事业单位或社会团体可以有一名会员。会员总数超过20人的，企业，事业单位和社会团体的会员人数不得超过会员总数的5％。
《农民专业合作社法》规定，具有管理公共事务职能的单位不得加入农民合作社。
（2）申请工商许可证。《农民专业合作社法》第十三条规定：“为了建立农民专业合作社，应当向工商行政管理部门报送下列文件：申请注册。注册; （2）所有创始人的签名和盖章成立会议纪要； （三）有全体创始人签名和盖章的章程； （四）法定代表人，董事的聘任文件和身份证明； （五）募捐人员签名，盖章的出资清单； （6）住所用途证明; （七）法律，行政法规规定的其他文件。 “同时，必须要求登记机关自受理登记申请之日起二十日内完成处理，并向符合登记条件的申请人颁发营业执照；登记事项有变更的，应当申请变更登记。
（3）进行税务登记。《中华人民共和国税收征收管理法》第十五条规定：“企业，其他地方和从事生产经营活动的企业在境内设立的分支机构，从事生产经营活动的个体工商户和事业单位（以下简称“事业单位”）统称为生产，（营业税人）自领取营业执照之日起三十日内，连同有关文件向税务机关申报办理税务登记。税务机关应自收到声明之日起30天内审查并签发税务登记证。 ”在获得工商营业执照之日起30天内，农民专业合作社应掌握相关文件和材料，向当地主管税务机关申报和办理税务登记。
（4）建立财务会计系统。《农民专业合作社法》第三十二条规定：“国务院财政部门应当按照国家有关法律，行政法规的规定，建立农民专业合作社财务会计制度。农民专业合作社应当按照国务院财政部门制定的财务会计制度进行会计核算。”
财政部于2008年1月16日发布了《农民专业合作社财务会计制度（试行）》（财会[2007] 15号），该通知在总则中明确规定：农民合作社的工作应以《会计法》，《农民专业合作社法》及其有关规定，规范会计工作，“根据本制度的规定和会计业务的需要，设立会计帐簿并提供必要的会计人员。没有条件也可以基于民主自愿委托农村管理机构或代理会计机构进行簿记和核算。 “农民专业合作社的财务会计制度要求农民专业合作社的董事长或董事会应根据公司章程组织年度业务报告和盈余的准备工作。分配方案，损失处理方案和财务会计报告应保存在办公地点，以供会员在股东大会召开前15天进行检查；需要农民专业合作社及其成员的交易，以及与使用他们提供的服务的非成员的交易，应该分开占。
财务会计系统不仅需要进行增值税，营业税和公司所得税等税收核算，而且还需要加强内部管理和盈余分配，还需要对公司进行生存和发展。农民专业合作社。盈余主要是根据会员与农民专业合作社之间交易量（金额）的比例或《农民专业合作社法》规定的农民专业合作社应遵循的基本原则之一。因此，农民专业合作社应为每个会员建立会员账户，进行详细的分类和核算。
税收将指导农民的专业合作社走上健康发展之路。要把农民专业合作社转变为农民可以信任，信任和信赖的经济实体，真正成为以会员为主要服务对象，为全体会员谋求共同利益，成为通向合作社的道路的互助经济组织。周围的群众到小康社会。领导。