以四川省为例，根据《关于印发《四川省区域总部企业所得税分配和预算管理暂行办法的通知》》，该市总部企业所得税的申报流程为：如下：
根据统一规定的原则，并考虑到总公司和分支机构以及该省的利益，属于省内总分公司和县分公司的企业应缴纳的企业所得税县市财务管理系统，实行“统一计算分级管理”，“现场预付款，简要清算和财务调整”。
总公司当前应纳税额是总公司所占份额的25％，每个分支机构（包括总公司所处位置）的总应纳税额为25％，已支付的应纳税额的25％省级分配的收入由省财政按一定比例在城市（县）和试点县（市）之间分配。
扩展配置文件：
分享范围和分享比例
根据川府发[2014] 9号文件，中央政府和地方政府共同承担的企业所得税占中央政府财政份额的60％，占地方省市的40％ ，而扩大电力的试点县（市）为35个。：比率为65，并且该省不参与三个州和内陆民族自治县（包括民族待遇县）（以下简称“民族地区”）的公司所得税共享。
参考资料：百度百科全书-四川省跨地区总公司企业所得税分配与预算公告
除内资独立会计分支机构外，其他分支机构的企业所得税由总行或会计地点统一缴纳。具有内资企业独立核算的分支机构在分支机构所在地缴纳企业所得税。最终结算和结算与其他独立纳税人相同。经国家税务总局批准，总公司也可以集体缴纳企业所得税。1.内资非独立会计分支机构所得税的结算和清算根据《企业所得税暂行条例实施细则》，不能同时满足以下条件的分支机构为非独立的会计分公司：1）在银行开设结算账户； 2）独立建立账簿和编制财务会计报表； 3）独立计算损益等非独立会计分支机构的所有收入和成本都包含在总部（或会计地点）帐户中。在这种情况下，损益在会计地点统一计算，按照规定预缴所得税，并支付年末外汇结算，无需批准。换句话说，非独立会计分支机构不涉及所得税问题。（二）独立核算分支机构的所得税结算和缴纳总额的缴纳，按照《国家税务总局关于规范企业收入集体和合并缴纳范围的通知》的规定进行独立核算。税”（国税函〔2006〕48号）。公司分支机构可以由总公司集体缴纳企业所得税。根据国税发〔2001〕13号的规定，总行和分支机构分别计算损益，总行于年末集体清算并共同缴纳企业所得税。具有独立会计的分支机构是独立所得税纳税人。只是一起纳税时，纳税地点不同，可以在冲减损益后缴纳税款。
这个问题很难回答。具体请参见国家税务总局公告2012年第57号和财税[2012] 40号文件，国税发[2008] 28号文件。
告诉我
新成立的二级分支机构在成立之年将不缴纳企业所得税。
从第二年（而不是第二年末）开始，分支机构将需要每季度或每月（通常每季度一次）预缴公司所得税。
具体方法是，总行根据各分支机构应分摊的比例，将当期应交企业所得税的50％分配给各分支机构，并及时通知各分支机构；每个分支机构应在每个月或每个季度结束后的15天内在现场宣布预缴其评估的所得税。
纳税企业收集和结算帐户时，除了要提交公司所得税年度纳税申报表和年度财务报表外，总部还应提交纳税人的分支机构所得税分配表和年度财务报表每个分支的每个分支机构参与公司年度纳税调整的说明；除提交公司所得税的年度纳税申报表（仅列出了某些项目）外，分支机构还应提交总部所在地主管税务机关已接受的纳税企业的分支机构机构所得税分配表，分支机构的年度财务报表（或年度财务状况以及业务收入和支出），以及分支机构参与公司年度税收调整的说明。
有关分支机构参与企业年度税收调整的说明，请参阅企业所得税纳税年度申报表所附的“税收调整项目清单”中列出的项目。没有解释。
如果分支机构未能按照税收分配额预缴所得税，导致税收少缴，主管税务机关应按照《征收管理法》的有关规定予以处罚，并通知主管部门。总部所在地税务机关的处罚。
如果分支机构受到主管税务机关的检查和补偿，则第二级分支机构应将已缴所得税的50％分配给总部，其中25％应在现场支付定金，现场全额的25％存入中央国库； 50％分配给第二级分支机构以处理该地点的存款。具体纳税程序按照财税〔2012〕40号第五条和其他有关规定执行。
简而言之，这比原始规定要麻烦一些。请自己仔细阅读以上文件。
附件：《跨区域营业税缴纳企业所得税征收管理暂行办法》
第一章总则
第1条为了加强跨区域运营的企业所得税的征收和管理，根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施规定，《税收征收与管理》 《中华人民共和国法》及其实施细则和“财政部”中国人民银行国家税务总局根据《省，市总部企业所得税和预算管理分配暂行办法》的有关规定发布了本办法（财税[2008] 10号）。 。
第2条如果居民企业在跨区域（指跨省，自治区，中央直辖市）建立不具有法人资格的营业组织或场所（以下称为分支机构）政府和有不同计划的城市），同样适用。企业为税收企业（以下简称企业），除另有规定外，适用本办法。
第三条企业实行“统一计算，分级管理，现场预付款，汇总清算，仓库财务调整”的企业所得税征收管理办法。
第4条统一计算是指企业总部计算应纳税所得额和应纳税总额，包括企业不具有法人资格的所有营业机构和所在地。
第5条分级管理是指总部和分支机构的主管税务机关均负责管理当地机构的企业所得税，总部和分支机构的主管部门应由所在地的税务机关管理机构位于。
第六条现场预付款是指总公司和分支机构应按规定在几个月或季度内向当地主管税务机关申报公司所得税的预付款。
第7条简易清算是指在年底之后，总部负责公司所得税的年度结算和缴纳，而企业应缴纳的年度所得税应以统一的方式计算，以抵销总公司及分公司分期预缴企业所得税后，将退还更多税款。
第8条：国库调整是指财政部根据批准的系数，定期调整分配给中央国库的跨地区公司所得税的所得税，并将其分配给地方国库。
第九条总公司和具有主要生产经营职能的第二分支机构应当当场预先缴纳企业所得税。
第二级分支机构及其分支机构由第二级分支机构预缴当地企业所得税；三级及以下分支机构不预缴地方企业所得税，营业收入，职工工资和总资产统一包含在二级分支中。
第10条如果总部设立了独立的生产和运营职能部门，并且独立的生产和运营职能部门的营业收入，员工工资和总资产与管理职能部门分开核算，具有独立的生产经营职能作为分支机构，当场预付企业所得税。独立生产经营职能部门和管理职能部门的营业收入，职工工资和资产总额不能分开核算的，具有独立生产经营职能部门的部门不视为同一分支机构，不支付企业收益。当场提前征税。
第11条企业内的附属二级和下级分支机构，不具有主要的生产和经营功能，并且不在当地缴纳增值税或营业税，售后服务，内部研发，仓储等缴纳企业所得税。
第十二条上一年度被认定为微利企业的，其分支机构不得预缴企业所得税。
第十三条新设立的分支机构在设立年度内不得预先缴纳企业所得税。
第十四条撤销的分支机构应在当年剩余时间内提取应缴纳的企业所得税，总公司应支付中央国库券。
第15条由中国境外企业设立的不具有法人资格的营业场所，不得当场预缴企业所得税。
分期计算预缴所得税时，其实际利润，应纳税额和分配因子不包括在中国境外设立的营业所。
第十六条如果总行和分行位于不同税率的地区，总行应首先计算应税所得总额，然后根据本办法第十九条规定的比例和规定第23条规定三个因素及其权重。在计算完不同税率的地区性机构的应纳税所得额后，根据总部和分支机构适用的税率计算应纳税额。
第十七条总公司及其分支机构应支付未由独立纳税人支付的2007年及以前年度所得税所弥补的损失，并允许其在剩余的法定期限内继续弥补。
第2章预付税款和和解金
第十八条企业应当根据当期的实际利润额和本办法规定的预付款分配方法，计算总行和分支机构的企业所得税的预付款；分别分为几个月或季度。预付到位。
如果难以在规定的期限内预付实际利润，则在总部所在地的主管税务机关批准后，总部或分支机构可以承担1/12或1 /前一年的应税收入的4。该组织预先缴纳企业所得税。确定
预付款方式后，就无法在当年更改它。
第十九条总行和分支机构应缴纳的企业所得税，应在分行中分50％，总行分50％缴纳。总公司预付部分中的25％将存入，25％将预先支付给中央国库，并将根据财税[2008] 10号的有关规定进行分配。
第20条根据当期的实际利润预先分配税款的方法
（1）分行应分摊的预付款额
总公司根据每个月或每个季度结束后10天内按照应分配的每个分支机构的比例，以统一计算的企业当期应缴纳的实际所得税额为基础，得出50％当前企业应交所得税总额的比例将所有分支机构分配给每个分支机构并通知；每个分支机构应在每个月或每个季度结束后的15天内向当地主管税务机关报告，以预缴评定的所得税额。
（2）总部应分摊的预付款
根据总公司应缴企业当期所得税的25％的统一计算，应在每个月或每个季度结束后的15天内自行宣布预付款。
（3）总公司为分配税款而向中央国库支付的预付款额
第21条按照上一年的应纳税所得额的1/12或1/4分配预付税的方法
总公司应根据上一年的结算和付款额统一计算应缴所得税的1/12或1/4。每个月或季度结束后的10天内，根据每个分支机构应分配的比例企业当期应纳税所得额的50％分配给分支机构，并通知分支机构；每个分支机构应在每个月或每个季度末的15天内向其所在地报告其所得税额主管税务机关宣布预付款。
总公司应根据上一年度的最终结算额计算应缴纳的所得税的1/12或1/4，并应在企业应缴纳的所得税总额的25％的15天内每个月或每个季度末向当地税务机关报告预付款。
总公司根据上一年的结算和结算，以及每个月或每个季度结束后的25天内，计算了应缴所得税的1/12或1/4自行向当地主管税务机关申报的预付款。
第二十二条总公司应当自年末起五个月内，按照法律，法规和其他有关规定进行年度所得税结算和纳税人结算。所有分支机构均不进行企业所得税的结算和支付。
该年应缴纳的所得税应由总部支付到中央国库中。对于当年超额缴纳的所得税，总部所在地的主管税务机关应签发“税收返还函”等证明，并按照规定的程序从中央国库退还。
第三章分行所占税收比例
第二十三条总公司应根据上一年度（根据上一年度的一月至六月以及七月至十二月的上一年度）的营业收入，员工工资和总资产这三个因素来计算每个分支机构。 ）机构应分担所得税的比例。这三个因子的权重分别为0.35、0.35和0.30。计算公式如下：
分支机构的分配比率= 0.35×（分支机构的营业收入/每个分支机构的营业收入的总和）+ 0.35×（分支机构的总工资/每个分支机构的总工资）+ 0.30×（分支机构的总资产/每个分支机构的总资产）
上式中的分支仅指需要在本地预付的分支。按照上述方法确定分摊比例后，该年度将不会进行任何调整。
第二十四条本办法所称分支机构的营业收入，是指分支机构在销售商品或提供劳务业务中实现的营业收入总额。其中，生产经营企业的营业收入，是指出售商品，提供劳务所得的全部收入；金融企业的营业收入，是指利息，手续费等全部收入；保险企业的营业收入，是指保险费等全部收入。
第二十五条本办法所称分支机构职工的工资，是指分支机构为获得职工提供的服务而给予职工的各种形式的报酬。
第二十六条本办法所称分支机构的总资产，是指可以用货币计量的经济总资源，而不是分支机构拥有或控制的无形资产。
第二十七条各分公司的营业收入，职工工资和总资产数据，应当以企业财务会计报告的数据为基础。
第28条如果分支机构所在地的主管税务机关对总部计算和确定的评估所得税的比例有任何异议，应在收到“公司所得税代收税收分配分支机构分配表》企业总部所在地的主管税务机关应提交书面审查建议并附上有关数据。总部所在地的税务机关必须在收到审查建议后的30天内，审查分税比例，并决定调整或维持原始比例。分公司所在地的主管税务机关应当执行总公司所在地的主管税务机关的审查决定。
第二十九条分公司在评估应纳所得税比例时，应首先根据总部确定的评估比例申报预缴税款。
第四章馆藏管理
第30条总公司和分支机构均应依法办理税务登记，并接受当地税务机关的监督管理。
第31条总公司应在每年的6月20日之前，按照本办法第二十三条规定的方法，将各分支机构在当年分摊的税款比例填入企业所得税汇总纳税分配科分配表（见《国家税务总局关于印发《中华人民共和国企业所得税月度（季度）预缴税款申报表等的通知》（国税函发〔2008〕No。 （第44章），附件4，附件根据本办法第二十三条的规定，填写了第十条“分支机构的分配比例”的计算公式的说明，并提交总公司所在地的主管税务机关；同时发布每个分支。
第三十二条总公司所在地的主管税务机关应在收到总公司提交的《中华人民共和国企业所得税合并税分支机构分配表》后的10天内，在各地区经营合并纳税人通过国家税务总局信息交流平台或邮件应及时交付各分支机构所在地的主管税务机关。
第三十三条总公司应将其所有第二级分支机构（包括不参与当地预付费分支机构的分支机构）的信息以及第二级分支机构主管税务机关的邮政编码向其报告。主管税务机关备案。
第三十四条分公司应将总部，上级机构和下级分公司的信息报告给主管税务机关备案。
第三十五条总公司应在分支机构注销后的15天内，将分支机构的注销情况报告给主管税务机关备案。
第三十六条总公司及其分支机构除按照纳税申报规定向主管税务机关提交有关资料外，还应提交《中华人民共和国企业所得税代征税部门分布表》，金融会计决算报表和雇员的总工资。
第三十七条分公司的所有财产损失应由分公司所在地的主管税务机关审查和发布，然后总公司应将扣除额报告给当地主管税务机关。
第三十八条各分支机构的主管税务机关应根据总公司主管税务机关反馈的《中华人民共和国企业所得税合并税分支机构分配表》。分摊仓储所得税核对支付的三个指标和分担比例的计算。如果发现分税率三项指标的计算存在问题，应及时通知总部有关税务机关。分公司未按照分配的税额预缴所得税，导致少缴税款的，由主管税务机关依照《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定予以处罚。及其实施规则，并将结果通知总部税务部门。
第五章补充规定
第39条如果居民企业在同一省，自治区，中央直辖市或计划不同的城市设立没有法人资格的营业机构或地方，其企业所得税和管理措施，各省，自治区，直辖市，计划城市的国家税务局和地方税务局应当参照本办法共同制定。
第四十条本办法自2008年1月1日起实施。
第四十一条本办法由国家税务总局解释。
阅读本文后，您将理解！