项目部门属于总公司第二级分支机构的，其企业所得税应当实行“现场预付款，集体清算”的政策。由于对法人征收企业所得税，二级分支机构不能独立承担相应的法律责任，因此总行将其全部缴纳。
如果项目部门产生了流转税（增值税，营业税等），则会根据地域性原则进行申报和缴纳税款。
以四川省为例，根据《关于印发《四川省区域总部企业所得税分配和预算管理暂行办法的通知》》，该市总部企业所得税的申报流程为：如下：
根据统一规定的原则，并考虑到总公司和分支机构以及该省的利益，属于省内总分公司和县分公司的企业应缴纳的企业所得税县市财务管理系统，实行“统一计算分级管理”，“现场预付款，简要清算和财务调整”。
总公司当前应纳税额是总公司所占份额的25％，每个分支机构（包括总公司所处位置）的总应纳税额为25％，已支付的应纳税额的25％省级分配的收入由省财政按一定比例在城市（县）和试点县（市）之间分配。
扩展配置文件：
分享范围和分享比例
根据川府发[2014] 9号文件，中央政府和地方政府共同承担的企业所得税占中央政府财政份额的60％，占地方省市的40％ ，而扩大电力的试点县（市）为35个。：比率为65，并且该省不参与三个州和内陆民族自治县（包括民族待遇县）（以下简称“民族地区”）的公司所得税共享。
参考资料：百度百科全书-四川省跨地区总公司企业所得税分配与预算公告
在同一城市设立的独立核算的分支机构，应按以下方式预缴所得税：
1.在中国跨省，自治区，直辖市设立具有生产和经营功能的分支机构的企业（以下统称为“省”），应遵守关于预缴企业所得税及其分支机构的新规定缴纳企业所得税。
2.但是，如果总部及其分支机构位于相同的省，自治区或直辖市（以下统称为“省”），则分支机构将不会预缴企业所得税现场，总公司将计算并一起付款。
3.如果在省内或省外设有分支机构，总公司应根据营业收入，工资总额和总资产以及当期应交所得税的50％计算每个分支机构的比例应在每个分支中机构间共享。
4.省内分支机构分配的所得税额，应由总公司集体支付给当地主管税务机关，省外分支机构应向其所在地的税务机关申报预缴的分配所得税量。
5.总公司设立具有独立生产经营职能的部门，如果该部门的营业收入，员工工资和总资产与其他一般管理职能分开核算，则具有独立生产经营职能的部门可以被认为是同一分支机构，现场预付企业所得税。
扩展数据
跨区域运营企业所得税征收和管理的暂行办法
第三条企业实行“统一计算，分级管理，现场预付款，汇总清算，仓库财务调整”的企业所得税征收管理办法。
第4条统一计算是指企业总部计算应纳税所得额和应纳税总额，包括企业不具有法人资格的所有营业机构和所在地。
第5条分级管理是指总部和分支机构的税务机关均负责管理当地机构的企业所得税。总公司和分支机构应由机构所在地的税务机关管理。
第6条现场预付款是指总公司和分支机构应按照本办法每月或每季度向当地主管税务机关申报公司所得税的预付款。
第7条汇总清算是指总行在年底后负责公司所得税的年度结算和缴纳，并统一计算企业应缴纳的年度所得税，以抵销总公司及分公司分期预缴企业所得税后，将退还更多税款。
第八条：国库调整是指财政部根据批准的系数，定期调整分配给中央国库的跨地区公司所得税的所得税，并将其分配给地方国库。一个
第九条总公司和具有主要生产经营职能的第二分支机构应当当场预先缴纳企业所得税。
第二级分支机构及其子公司由当地分支机构预缴当地企业所得税；三级及以下分支机构不预缴地方企业所得税，营业收入，职工工资和总资产统一包含在二级分支中。
第10条如果总部设立了独立的生产和运营职能部门，并且独立的生产和运营职能部门的营业收入，员工工资和总资产与管理职能部门分开核算，具有独立的生产经营职能作为分支机构，当场预付企业所得税。
如果不能将独立生产经营职能部门和管理职能部门的营业收入，员工工资和总资产进行单独核算，则具有独立生产经营职能的部门不应被视为同一分支机构。不得预先缴纳企业所得税。
第11条没有主要生产和运营功能并且不对本地产品售后服务，内部研发，仓储等缴纳增值税或营业税的子公司二级和下级子公司。缴纳企业所得税。
第十二条如果公司在上一年被认定为小型低利润企业，其分支机构不得预先缴纳企业所得税。
第十三条新设立的分支机构在成立当年不得预先缴纳企业所得税。
第十四条被撤销的分支机构应提取应在当年剩余期限内分摊的企业所得税，总公司应支付中央国库券。
第15条由中国境外的企业设立的不具有法人资格的营业场所，不得当场预缴企业所得税。