小额贷款公司应当依法缴纳企业所得税。小额贷款公司可以由自然人，公司法人和其他社会组织建立，但其公司性质为有限责任公司或股份公司。也就是说，尽管自然人只要符合规定条件就可以成立小额贷款公司，但是新的公司所得税法实施了公司所得税制度。实施条例规定，在中华人民共和国境内，企业和其他创收组织应依照本法的规定，对其年度应纳税所得额缴纳企业所得税，适用税率为25％。
此外，如果成立的公司符合小型，微利企业的要求，则可以按20％的减免税率缴纳企业所得税。《国家税务总局关于印发〈新企业所得税法精神纲要〉的通知》（国税函〔2008〕159号），以企业法人和非企业法人的形式具体界定了企业和创收组织。公司所得税制度包括国有企业，集体企业，私营非企业单位和其他从事商业活动的组织在内的人员，因此无论小额贷款公司是由企业法人和其他社会组织的投资还是以自然人，必须依法缴纳企业所得税。
个人独资和合伙企业是自然人企业，没有法人资格，股东承担无限责任。因此，新的企业所得税法及其实施条例将根据中国法律和行政法规建立的个人独资和合伙企业排除在企业所得税纳税人之外。换句话说，自然人成立的小额贷款公司应根据其法人性质缴纳公司所得税，而不是个人所得税。