在税收方面，企业合并可以分为两种形式：“应税合并”和“免税合并”。根据《企业改制和清算所得税处理办法（试行）》（税务总局，2008年）和财政部，国家税务总局《关于企业改制企业所得税处理若干问题的通知》业务”（财税[2009] 59号）根据两者的有关规定，将两者分开的条件主要取决于合并方向合并方支付的价格主要是现金还是股权。一般来说，以税收为基础的合并主要是现金，而以免税形式进行的合并主要是股权。
对于应税合并，应视为合并后的企业按公允价值转移和处置所有资产，计算资产的转移收入，并依法缴纳所得税。合并企业上年度的亏损不结转至合并企业。合并企业接受合并企业的相关资产，其成本可以根据计算税项时评估确定的价值确定。合并企业的股东应当取得合并企业的股权进行清算和分配。免税合并是指非股权溢价的公允价值小于股权账面价值的15％时，合并企业向合并企业支付的收购价。合并方经税务机关确认后，不得暂时确认有关资产转移收入或损失。合并企业接受合并企业资产的成本，应当按照合并企业资产的原始账面净值结转，不按照评估确认的价值进行调整。