根据企业所得税的有关规定，跨地区经营所得必须在当地税务局缴纳；至于你说的总公司亏损，只能由分公司税后实现的利润来弥补。合并报表的总部仍然需要完成。此外，总公司所在地的税务部门还取决于总公司的利润结构。以供参考。
“所得税收入分支机构分配表”每年提供一次，而不是每季度提供一次，并且必须在每年的6月30日之前提供。由于新的公司所得税法使用法人作为纳税人，因此分支机构不是独立的纳税人，因此不会从所得税的角度考虑是否独立核算。分公司按照“所得税分公司收入分配表”中规定的比例每季度（或每月）预缴地方企业所得税。分支机构在年底后不再参与所得税结算。
总公司填写企业所得税汇总纳税分公司所得税分配表，分公司根据分配表按季度预缴企业所得税申报表。当年新成立的分公司未参加公司所得税分配。因此，不需要此分配表。
《国家税务总局关于印发〈跨地区营业税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告〔2012〕57号）。
第三条集体纳税企业实行“统一计算，分级管理，现场预付款，清算，财务调整”的企业所得税征收管理办法：
（1）统一计算是指总公司计算应税所得总额和应纳税额，包括所有在纳税企业中没有法人资格的分支机构。
第5条下列二级分支机构无需在现场缴纳企业所得税：
.........
（3）新成立的二级分支机构在成立之年不需缴纳企业所得税。
国家税务总局关于印发《跨区域营业税缴纳企业所得税征收管理办法》的公告（国家税务总局公告2012年第57号）：
（2）分级管理是指负责总部和分支机构所在地的税务机关负责当地机构的企业所得税管理。总公司和分支机构应由机构所在地的税务机关管理。
（3）现场预付款是指总部和分支机构应按照《办法》的规定，每月或每季度向当地主管税务机关申报公司所得税的预付款。
（4）总体清算是指在年底之后，总公司统一计算纳税人的年度应纳税所得额和应纳税所得额，并冲抵当年分期支付的总公司和分支机构。企业所得税缴纳后，将退还更多。
（V）财政部调整是指财政部根据批准的系数，将支付给中央国库的应纳税企业所得税总额中要分配的收入定期调整为地方国库。
第四条总公司和具有主要生产经营职能的二级分支机构，应当在现场共享并缴纳企业所得税。
第二级分支机构是指代收税企业依法设立并领取非法人的营业执照（注册证）的分支机构，总行直接对其财务，业务和财务进行统一核算和管理。人员。
（2）如果该公司在上一年被认定为微薄盈利的公司，则其第二级分支机构不得现场缴纳公司所得税。
（4）当年被撤销的二级分支机构，自税务登记取消之日起，自企业所得税的预付款期起，不得在现场分摊企业所得税。
（5）在中国境外设立的具有法人资格的二级分支机构的集体纳税企业，不得现场缴纳企业所得税。