如果分支机构的营业执照是法人营业执照，则由分支机构缴纳企业所得税。
如果是非法人营业执照，则有两种情况：
1.在该地区工作的人员应由总部支付；
2.跨区域建筑企业所得税的征收和管理问题应按以下规定执行：
1.实行跨，事业单位制的跨区域经营性建筑企业，应严格执行《国家税务总局印发分配通知》《跨境所得税征收管理暂行办法》。 -《区域经营性纳税企业》（国税发〔2008〕28号）No.）规定企业所得税应按照“统一计算，分级管理，现场预付款，汇总清算，仓库财务调整”的方法计算和缴纳。
2.跨地区的建筑公司设立的不符合二级分支机构要求的项目经理（包括与项目经理性质相同的工程总部和合同部门）应汇总到总部或二级分支机构中组织按照国税发[2008] 28号文件规定的方法统一计算，计算缴纳企业所得税。上述项目管理部门不预缴当地企业所得税。
根据2010年第2号公告，《关于跨区域建筑施工企业所得税的征收和管理问题》：
1.本市其他省市的建筑业企业设立的项目部门（包括由二级以下分支机构管理的项目部门）可以提供由主管税务机关签发的《对外经营活动税收管理证书》。总部所在地的机关总公司出具的证明文件，证明项目部门属于总公司或二级分支机构管理部门的证明文件，应按发票金额的0.2％缴纳企业所得税。
在我市经营和设立分支机构的其他省市的建筑企业，只要符合二级分支机构的要求，并可以提供“企业所得税汇总税科分配表”，申报并缴纳企业所得税在注册地区或县的税务机关。
2.我市其他省市的建筑业企业设立的项目部门（包括第二级以下分支机构管理的项目部门）不能提供主管部门出具的《对外经营活动税收管理证书》。总公司所在地的税务机关。或总公司出具项目部属于总公司或二级分支机构的证明文件，应当以独立纳税人的名义现场缴纳企业所得税，并按8％的应纳税所得额缴纳。截至2011年4月1日的发票金额企业所得税是按发票金额的2％缴纳企业所得税。
在我市经营和设立分支机构的其他省市的建筑企业不符合二级分支机构的要求；尽管它们满足二级分支机构的要求，但是它们不能提供“企业所得税汇总税收分支机构分配表”。从2011年4月1日起，将按发票金额的8％（即发票金额的2％）的应纳税所得额缴纳企业所得税。
国家税务总局关于跨地区建筑企业所得税征收管理有关问题的通知
国税函[2010] 156号
省，自治区，中央直辖市以及计划分立的城市的国家税务局和地方税务局：
为了加强对跨地区（指省，自治区，中央直辖市和计划分开的城市的经营企业）的所得税的征收和管理，根据以下规定： 《中华人民共和国企业所得税法》及其实施规定，《中华人民共和国《共和国税收征收管理法》及其实施细则，以及《国家税务总局关于印发〈区域性营业税缴纳企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）。关于建筑施工企业所得税征收管理问题的通知如下：
1.实行一般分支机构制度的跨地区建筑企业，应严格按照国税发[2008] 28号的规定，按照“统一计算，分级管理，现场预付款，简易清算，仓库的财务调整”计算并缴纳企业所得税。
其次，由建筑企业下属的第二级或下级分支机构直接管理的项目部门（包括与项目部门性质相同的项目总部和合同部门，下同）不现场缴纳企业所得税。营业收入，职工工资和总资产汇总到二级分行进行统一核算，二级分行应按照国税发[2008] 28号文件的规定，预先缴纳企业所得税。 。
3.由建筑企业总部直接管理的跨区域项目部门，应由总部每月或每季度按实际费用的0.2％预分配公司所得税到项目所在地。项目营业收入当地主管税务机关预先付款。
IV。建筑企业总部应当计算企业应缴纳的所得税总额，并按照以下方式预缴：
（1）如果总部只有一个跨地区的项目部门，则在扣除项目部门预缴的企业所得税后，将根据其余额在本地支付；
（2）总部只有两个分支机构的，应按照国税发[2008] 28号的规定计算总部和分支机构的应纳税额；
（3）如果总公司既有直接管理的跨地区项目部门又有跨地区第二级分支机构，则应先扣除由项目部门预付的企业所得税，然后在按照国税[2008] 28号文件编号规定了总公司和分支机构应缴税款的计算方式。
五，建设企业总部应当按照有关规定办理企业所得税的年度结算和清算，分支机构和项目部门不得进行结算。当总部的年终最终所得税的支付额少于预付税额时，总部的税务机关应对退税额进行处理或扣除下一年应缴纳的企业所得税。
六。跨区域运营的项目部门（包括由第二级以下分支机构管理的项目部门）应向项目主管税务机关颁发项目所在地主管税务机关签发的《对外经营活动税收管理证书》。项目的位置。如果提供了上述证明，项目部门所在地的主管税务机关应督促其补正期限；无法提供上述证明的，应当作为独立纳税人现场缴纳企业所得税。同时，项目部门应向地方税务主管部门提供总行出具的证明文件，证明项目部门属于总行或二级分支机构的管理部门。
7.施工企业总部在办理企业所得税的预付款和最终清算时，应附有跨地区业务项目部直接支配的当地预付款的纳税证明。管理。
8.对于在同一省，自治区，中央直辖市以及计划分开的城市中的建筑企业设立的跨地区（市，县）项目部门，企业收益的收集和管理方法税收由计划中的省，自治区，直辖市和国家管辖税务局和地方税务局共同制定并报国家税务总局备案。
9.本通知将于2010年1月1日生效。
国家税务总局
2010年4月19日