分公司的增值税在深圳本地申报并缴纳。分支机构新设立的企业所得税办事处由总行在当年收取并支付，总行于次年在深圳发行分配表。在年底，总公司向公司收取费用。具体研究文件是国家税务总局关于清理跨地区企业所得税汇总表的文件每年发行100份税务申报的税务部门的公告。国家税务总局公告2013年第44号国家税务总局关于印发《跨区域营业税金征收企业所得税管理办法》的公告国家税务总局2012年第57号公告
国家税务总局关于印发“跨区域营业税企业所得税征收管理暂行办法”的通知。
“（国税发〔2008〕28号）第22条规定，总行应在年底后的5个月内，根据纳税人的年度所得税汇算清缴情况。法律，法规及其他有关规定数数并支付。所有分支机构均不进行企业所得税的结算和支付。当年应交的所得税由总公司缴纳到中央国库中。在当年多缴所得税的情况下，总公司所在地的主管税务机关应当出具退税等证明，并按照规定从中央国库退还。按照规定的程序。
一，企业所得税：对于未取得法人营业执照的分支机构，税务局规定，总行原则上由总行负责收集和计算纳税申报表，然后按照统一分配遵守规定。所有财务会计都应进行。没有独立的会计核算方法和非独立的会计核算方法，只有现场申报和付款明细表以及汇总申报和付款明细；
2.增值税：分支机构不受法人的工商许可证的影响。原则上，它们是根据地域管理的。有独立的会计方法和非独立的会计方法。机构统一进行财产核算，但基于公司所得税核算方法最好是独立核算和非独立核算。一些省份规定，各省市分支机构的所得税采用总行汇总和再分配的管理方法，而各区县支行的所得税汇总后不执行。重新分配。查看您的分支机构是否跨省，市或区。如果是跨县支行且有增值税，最好采用非独立核算方法，跨省市分支机构应采用独立核算方法