通常在年底扣除
预缴的企业所得税可能不予退还，并且应扣除纳税期后应缴纳的企业所得税额。预付企业所得税在税收收集管理系统中标记为“可抵扣和可退还”税。
1.上年度应收所得税的会计处理
（1）多缴所得税
借款：上一年可退还其他应收所得税50,000
贷款：以前的年度损益调整为50,000
（2）结转时
借：上一年的损益调整额50,000
贷款：利润分配-未分配利润50,000
2.提款，依7万元
（1）提取时
借：所得税70,000
贷款：应纳税所得额70,000
借用：今年获利70,000
贷款：所得税70,000
3.付款时扣除并支付20,000元
（1）扣除项
借：应交所得税50,000
贷款：上一年可退还其他应收款-所得税50,000
（2）付款时
借：应交所得税20,000
贷款：银行存款20,000
根据国税函[2010] 156号《关于跨区域建筑企业所得税征收管理有关问题的通知》：由建筑企业总部直接管理的跨区域项目部门以0.2为基础。项目实际营业收入的百分比总公司或每季度按季度将公司所得税预分配给项目所在地，项目部门应提前向当地主管税务机关缴纳。
建筑企业总公司应按照下列方法计算企业应缴纳的所得税总额并预缴：
（1）如果总部只有一个跨地区的项目部门，则在扣除项目部门预付的企业所得税后，将根据其余额当场支付；
（2）总部只有两个分支机构的，应按照国税发[2008] 28号的规定计算总部和分支机构的应纳税额；
（3）如果总公司既有跨地区项目部门直接管理，又有跨地区二级分支机构，则应先扣除项目部门预缴的企业所得税，然后按照国税[2008] 28号文件编号规定了总公司和分支机构应缴税款的计算方式。
文件进一步规定，建筑企业总部应按有关规定办理企业所得税的年度结算和清算，分支机构和项目部门不得进行结算。当总部的年终最终所得税的支付额少于预付税额时，总部的税务机关应对退税额进行处理或扣除下一年应缴纳的企业所得税。