税务部门未正确处理。您是预先收到的项目付款。那时还不是您的收入，因为您尚未开始建设。通常，根据项目进度将项目结转。收入，其中一部分按2008年的收入计算，部分按2009年的收入计算，税务部门可以收取滞纳金，但无需缴纳所得税
《营业税改增值税实施办法》（财税[2016] 36号附件1）第45条规定，“增值税应纳税额和预提义务发生的时间为：
（1）纳税人采取应税行为并收取销售款项或获得销售款项凭证的日期；如果首先开具发票，则为开具发票的日期
（2）如果纳税人采用预付款方式提供建筑服务和租赁服务，则其应纳税额将在收到预付款之日发生。
公司所得税支付义务时间与增值税纳税义务支付时间一致。