运输公司的企业所得税应通过审计收取。如果帐户混乱，并且难以检查帐户，则税务机关可以核实收款情况。
运输行业企业所得税的目的是运输收入和运输行业纳税人获得的其他收入。
基本计算公式：应税收入=总收入-可扣除项目的金额，应税收入=应税收入×税率。
运输行业的企业所得税通常每季度预缴一次。
根据国家税务总局印发（企业所得税征收征收办法）（试行）的通知（国税发〔2008〕030号）：
如果使用应税所得税率来批准企业所得税的征收，则应纳税额的计算公式如下：
应付所得税=应纳税所得额×适用税率
应税收入=应税收入×应税收入率
根据《国家税务总局印发（企业所得税征收和征收办法）（试行）》（国税发〔2008〕030号）的规定：应税所得率法，应纳税所得额的计算公式为：？
应付所得税=应纳税所得额×适用税率？
应税收入=应税收入×应税收入率？
或：应税收入=成本（费用）支出/（1应税收入率）×应税收入率？
纳税人采用应税所得税率方法评估和征收公司所得税，并经营多个行业，无论其业务项目是否单独核算，税务机关都会根据其主要项目确定适用的应税所得税率。主要项目应是在所有纳税人的运营项目中占总收入或成本（费用）支出或原材料，燃料和电力消耗最大的项目。？
上述文件还规定，运输业的应税收入率为7-15％。
因此，主管税务机关可以根据上述规定和企业的具体情况，在7％至15％的范围内确定运输企业的应税所得率。
核定征收方式主要包括固定征收和核定应纳税所得额两种方法以及其他合理的方法。固定收益税是指税务机关根据某些标准，程序和措施直接核实纳税人的年度应纳税企业所得税，并由纳税人按照规定申报纳税的方法。固定收益收集方法没有计算问题。批准应税收入税率是指税务机关根据某些标准，程序和方法预先验证了纳税人的应税收入率。纳税人将根据纳税年度的总收入或成本的实际金额确定应纳税所得额。核定的应纳税所得额作为缴纳企业所得税的方法计算。可以看出，只有批准的应税所得率征收方法才会涉及计算问题。
（1）应税收入的计算
应税收入=总收入×应税收入率
或应税收入= [成本费用金额/（1-应税收入率）]×应税收入率
（2）计算应付所得税金额
公式中的应税收入税率是根据下表中指定的标准执行的：
应税收入表
行业应税所得率（％）
工业，运输和商业7-20
建筑业，房地产开发业10－20
食品服务业10－25
娱乐业20－40
其他行业10－30