根据合同总金额减去分包金额
增值税和所得税之间没有关系。增值税是集体支付的，所得税仍由各地区局的分支机构支付。
增值税方面
1.不能从总部扣除分支机构公司的输入发票；
2.报告时分别填写数据。
3.根据《增值税暂行条例实施细则》第4条第3款，如果您的公司在城市的各个地区设立了分支机构来销售商品，则您可以合计付款， “相关机构位于同一县（“城市”除外），贵公司会将货物转移到分支机构进行销售，这不视为销售货物，但是分支机构出售后，贵公司将集体向增值税主管部门申报并缴纳增值税公司所在地。分支机构的经济业务将由贵公司负责。
所得税
1.根据《企业所得税暂行条例实施细则》，不能同时满足以下条件的分支机构为非独立会计分支机构：1）在银行开设结算帐户； 2）独立建立账户并准备财务财务报表；
3）独立计算损益。格捷财经
2.非独立会计分支机构的所有收入和成本都包含在总部（或会计地点）的帐户中。在这种情况下，损益在会计地点统一计算，按照规定预缴所得税，并支付年末外汇结算，无需批准。非独立会计分支机构不涉及所得税问题。
分支机构应当依照《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条的规定，向营业所所在地的主管税务机关申报纳税。总公司和分支机构不在同一县（市）的，应当向各自所在地的主管税务机关报告。
经国务院财政税务部门或其授权的财政税务部门批准，总行可以集体向总行所在地的主管税务机关申报纳税。因此，如果分支机构已通过税务登记，则是独立的增值税纳税人，应分别申报和缴纳增值税。
经国务院财税部门或者国务院授权的财税主管部门批准，未办理税务登记的，总公司应当共同缴纳增值税。
扩展数据
从表面上看，总付款的实现只是税收方法的一种改变。但是，由于总付款，每个机构的损益都可以互相抵消对方的所得税，这部分减少了总企业的应纳税额。税收优惠。
这种方法的优点在于，它可以真实反映企业集团的财务状况，并可以更合理地计算企业集团征收的所得税。但是，总付款使税务机关更难以管理和监视企业集团的税收，而且更有可能发生税收漏洞。