有限合伙产业基金不同于公司系统。它不是纳税人。合伙企业执行“先分税再分税”的原则。合伙企业本身不征税，仅对投资者征税。自然人的投资者应缴纳个人所得税；法人和其他组织的投资者应缴纳公司所得税。
对于自然人投资者，根据“个体工商户的生产和经营收入”，采用5％至35％的五级超额累进税率来计算个人所得税的征收；法人和其他组织占企业的25％所得税税率。
目前，投资者通常会申报自己的所得税，这相当于税后收入。