根据《企业所得税清缴管理办法》（国税发〔2009〕79号）第十一条，纳税年度内预缴企业所得税的纳税人少于应付企业所得税。在结算期内，应交纳企业所得税；预付税款超过应纳税额的，主管税务机关应当按照有关规定及时办理退税，或者征得纳税人同意后，于次年缴纳。缴纳企业所得税。
发现超额付款后，企业可携带三份“退税申请批准表”（加盖公章），预付税的纳税证明，应纳税额和实际税额的副本。税有关情况的信息，银行开户许可证以及负责人身份证的复印件。直接去税务局申请退税。通常，可以在30个工作日内将多缴的税款退还至公司帐户。请向您的主管税务机关咨询特定的退税处理时间。