纳税人可以选择审核或验证所得税的征收方式。主管税务局也有权确定纳税人的税收征收方式。
但是，目前，通常对公司所得税进行检查，除非税务局认为纳税人的会计核算不正确，否则将改为验证。
有下列情形之一的，纳税人应当以核定征收的方式征收企业所得税：
1.可能不按照税法，法规设立账簿的人，或者应按照税法，法规规定设立账簿但不设置账簿的人；
2.总收入只能被准确地说明，或者收入金额可以被确认，但是其成本却不能被准确地说明；
3.仅可以准确计算成本费用，或者可以验证成本费用，但不能准确计算总收入；
4.无法正确地计算总收入或成本费用，并且很难向主管税务机关核实真实，准确和完整的纳税信息；
5.尽管帐户设置和会计核算均符合规定，但未按要求保留相关的帐簿，凭证和相关的纳税材料；
6.如果发生纳税义务，则未在中华民国税法和规章规定的期限内处理纳税申报单，税务机关已命令纳税人在纳税申报期内申报。时间限制，但纳税人将不会在截止日期后宣布。