跨地区项目部门预缴税款：应将项目实际营业收入的0.2％由总部预分配到项目所在地，以征收企业所得税，而项目部门应预付给当地主管税务机关（仅用于省际，自治区，直辖市和计划分开的城市。对于非跨省，异地建设，国家不要求预先缴纳企业所得税。
总公司预付的税款：扣除项目部门预付的企业所得税后，将根据总余额在总公司所在地预付。
公司所得税应在单位所在地的主管税务局缴纳。根据规定，施工企业应当向施工现场（场外）税务局缴纳增值税，城市建设税和教育附加费。所得税在建筑工地预缴，并在公司所在地结算。
法规
《国家税务总局关于建筑企业所得税征收管理有关问题的通知》（国税函〔2010〕39号），涉及跨地区经营。关于建筑施工企业所得税征收管理问题的通知如下：
1.实行一般，分事业单位制的跨地区经营建筑企业，应严格按照国税发〔2008〕28号的规定，按照“统一计算，分级管理，局部预付款，简易清算”的规定执行。和财务调整“计算和缴纳企业所得税的方法。
2.跨地区的建筑公司设立的不符合二级分支机构要求的项目管理部门（包括项目指挥部门和与项目经理部门性质相同的合同部门）应为：汇总到总部或二级分支机构组织按照国税发[2008] 28号文件的规定统一计算并计算和缴纳企业所得税。
3.地方税务机关违反本通知的收集和管理文件，应予以暂停和改正；未按规定收取企业所得税的，应当及时退回对于企业。未按照本通知要求进行更正的，国家税务总局将按照执法责任制的有关规定严肃处理。
《国家税务总局关于建筑业企业所得税征收管理有关问题的通知》（国税函〔2010〕39号）基本解决了目前异地建设企业收取企业所得税的问题。根据施工现场的征收率征税，对于全国的建筑公司来说，这是“好消息”。自从该文件于2010年1月26日发布以来，如果2009年的建筑业企业已在施工现场被地方税务机关征收了企业所得税，则它有权要求地方税务机关将其退还。
1.“国家税务总局关于印发《建筑安装行业个人所得税征收管理暂行办法》的通知”
2.（国税发[1996] 127号）第11条规定，在其他地方从事建筑和安装行业的建筑业的单位应在进行工程的所在地预扣个人所得税。但是，如果收入在单位所在地分配并且可以向主管税务机关提供完整且准确的会计帐簿和会计凭证，则在获得主管税务机关批准后，可以返回单位所在地以扣留个人所得税。
3.第12条规定，本办法第3条第1款和第2款所涉及的纳税人和扣缴义务人应根据项目的每月完成额预缴和扣缴个人所得税沉降。如果项目经营多年，则应按年收入预缴，代扣代缴个人所得税。如果难以对每年的收入进行分配，则可以按月预缴并代扣代缴税款，项目建成后，可以根据每年的完成额分配收益，应按安顿下来。
4.第17条规定，本办法所称主管税务机关是指建筑和安装业开展业务的地方税务局（分局，办公室）。《国家税务总局关于建筑安装企业个人所得税代扣代缴问题的批复》（国税函〔2001〕505号）第1条，从事国外建筑安装工程工作的建筑安装企业在其他地方预扣了个人所得税（无论采用哪种计算方法），机构所在地的主管税务机关不得再进行审计或其他方法，对通过从事建筑和安装业务而在另一国家从事建筑和安装业务的人征收个人所得税地点。但是，对于不直接在其他地方从事建筑安装业务并取得收入的企业管理，工程技术人员，其所在地的税务机关应当征收其个人所得税。据此，在国外从事建筑安装工程的建筑安装企业在其他地方预扣了个人所得税的，该机构所在地的主管税务机关不得再进行审计或其他收税方法。来自其他地方从事建筑和安装业务的人员。个人所得税。以上答复仅供参考。有关具体程序，请直接咨询您的主管或当地税务机关。