跨地区项目部门预缴税款：应将项目实际营业收入的0.2％由总部预分配到项目所在地，以征收企业所得税，而项目部门应预付给当地主管税务机关（仅用于省际，自治区，直辖市和计划分开的城市。对于非跨省，异地建设，国家不要求预先缴纳企业所得税。
总公司预付的税款：扣除项目部门预付的企业所得税后，将根据总余额在总公司所在地预付。
根据国家税务总局《关于印发〈个人所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔1996〕127号）第11条：
在不同地点从事建筑和安装行业工程业务的单位应在工程业务所在地预扣个人所得税。但是，如果收入在单位所在地分配，并且可以向主管税务机关提供完整且准确的会计帐簿和会计凭证，则在获得主管税务机关批准后，可以将其返还至单位所在地以预扣个人所得税。
第12条规定，与本办法第三条第一，第二款有关的纳税人和扣缴义务人，应按每月项目完成额预缴和扣缴个人所得税，并每年清算。如果项目经营多年，应按年收入预缴，代扣代缴个人所得税。如果难以对每年的收入进行分配，则可以按月预缴并代扣代缴税款，项目建成后，可以根据每年的完成额分配收益，应按安顿下来。
第17条规定，本办法所称的主管税务机关是指建筑和安装行业开展业务的地方税务局（分支机构，办公室）。
《国家税务总局关于建筑安装企业代扣代缴个人所得税问题的批复》（国税函〔2001〕505号）第一条：
如果在国外从事建筑安装工程工作的建筑安装企业已经在其他任何地方预扣了个人所得税（无论采用哪种方法），则该机构所在地的主管税务机关可能不再从在其他地方从事建筑和安装而赚取收入员工须通过审计或其他方式缴纳个人所得税。但是，对于不直接在其他地方从事建筑安装业务并取得收入的企业管理，工程技术人员，其所在地的主管税务机关应当征收其个人所得税。
据此，如果在国外从事建筑安装工作的建筑安装企业已在另一地方预扣了个人所得税，则该机构所在地的主管税务机关不得再对以下人员进行审计：通过在其他地方从事建筑和安装业务获得收入。或以其他方式收取个人所得税。