医疗卫生机构的税收优惠政策分为三个部分：
（1）非营利性医疗机构的税收政策：非营利性医疗机构以国家规定的价格获得的医疗服务收入免征营业税。未按国家规定的价格获得的医疗服务收入，不享受本政策。
（2）营利性医疗机构的税收政策：对于营利性医疗机构直接获得的用于改善医疗条件的收入，应自获得执业资格之日起3年内，经审核并获得批准主管税务机关免征营业税。
（3）疾病控制机构和母婴保健机构等卫生机构的税收政策：疾病控制机构和母婴保健机构等卫生机构应按国家规定的价格取得卫生服务收入。免征营业税。
减免营业税是鼓励或照顾某些应税行为或纳税人的特殊措施。通过减免税措施，可以将营业税的统一规定与必要的灵活性相结合，以解决税收过程中出现的特殊情况，并更好地执行税法。现行《营业税暂行条例》规定，营业税的减免权集中在国务院。除此之外，其他任何单位和个人都无权享有免税和免税的权利。同时，营业税的有关规定以及下列纳税人的应税行为，免征营业税：（一）纳税人的营业额达到税额底限； （2）托儿所，幼儿园，敬老院和残疾人福利院服务，婚姻介绍，fun仪服务； （三）残疾人提供的劳动服务； （四）医院，诊所等医疗机构提供的医疗服务； （5）学校和其他教育机构提供的教育服务劳工服务； （6）农机耕作。排灌，病虫害防治，植物保护，农牧业保险和相关技术培训服务，家禽，牲畜，水生动物育种和疾病控制工厂（7）纪念馆，博物馆，文化中心，美术馆，展览馆，书法和绘画学院，图书馆，文物保护单位举办的文化活动的门票收入和宗教场所举办的文化宗教活动的门票收入； （八）校办企业为学校的教学和科研服务提供的应税劳务（酒店，餐饮和娱乐业除外）；使残疾人达到规定比例的公务员福利企业，提供的服务（广告除外）； （十）保险公司提供的一年以上可退还的人寿保险服务； （十一）个人著作权转让； （12）将土地使用权转让给农业生产者和农业生产的行为。
1.根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》（以下简称《条例》）和实施细则，以及财政部和国家税务总局财税字（97）75号”关于事业单位和社会团体征收企业所得税有关问题的通知（以下简称“通知”）的有关规定，医疗卫生机构应当按照规定申报缴纳企业所得税。但是，实际上很少征收，特别是对于非营利组织。但是，如果还有其他应税收入，例如房屋租金收入等，则应缴纳所得税。
第二，公共机构和社会组织的税收，财政部和国家税务总局于1997年发布了“通知”，国家税务总局发布了“公共机构，社会组织和私人非政府组织企业单位”（1999年）。《企业所得税征收管理办法》（以下简称《办法》），但在实际征收管理中仍然存在许多问题。我们认为，有些政策还不够完善。
（1）公司所得税免税方面。
医院的收入主要包括五项：①财政补贴收入； ②上级补助收入； ③医疗收入； ④药品收入； ⑤其他收入（包括培训收入，救护车收入，废钢价格变动收入以及无用收入）受限制的捐款和外国投资收入，利息收入等）。比较“通知”和“措施”，我们认为：
1，①②是免税收入。《通知》第二条第二款规定：事业单位从主管部门和上级单位获得的业务发展专项补助收入，免征企业所得税。拨款收入免征企业所得税。
2.对第③项是否已征税存有疑问。《通知》第二条第三款规定：国务院，省人民政府批准或者省财政计划部门联合批准的行政收费，包括在财政预算管理或预算外专项管理中资金应免除征收企业所得税。该规定具有三层含义：第一，必须是管理费；第二，必须是管理费。第二，必须是经国务院，省人民政府批准或者由省财政计划部门联合批准的收费项目；第三，费用收入必须包括在财务预算管理中或预算外资金的特别账户管理。与该法规相比，关于医疗收入的三个问题需要澄清：
（1）医疗收入是管理费还是营业收入？
（2）免税项目是否包括省级财政和“价格”部门共同批准的医疗收费项目？
（3）《办法》中的“企业所得税免税”项目不包括“省级财政和计划部门的联合批准”。从1999年起省级财政和计划部门共同批准的收费项目是否免税范围？
3.《营业税暂行条例》第8条免征营业税：（3）医院，诊所和其他医疗机构提供的医疗服务；