只有当主管卫生部门将其确认为非营利性医疗机构时，才可以免除公司所得税。营利性医疗机构可从认证之日起3年内免征企业所得税。
财政部，国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知（财税[2000] 42号）：
2.营利性医疗机构的税收政策（1）营利性医疗机构所获得的收入应按规定征收各种税款。但是，为了支持营利性医疗机构的发展，如果营利性医疗机构获得的收入直接用于改善医疗和健康状况，则在获得医疗保险之日起三年内给予以下优惠执业注册：免征营业税；自行生产和自用的制剂免征增值税；对营利性医疗机构使用的房地产，土地，车辆和船舶免征房地产税，城市土地使用税以及车辆和船舶使用税三年免税期届满后，将恢复税收。（二）将盈利性医疗机构的药店分为独立的药品零售企业的，应当按规定征收各种税费。根据上述规定，营利性医疗机构必须缴纳企业所得税。