印花税已计入管理费用，在计算应纳税所得额时已扣除，因此应税收入当然不包括印花税。
增值税是一种额外价格税，因此不包括在收入中。应按照9708.74缴税。
至于如何退还多付的金额，有必要与税务局联系。一般来说，最好减少下一轮的分数。