分支机构与总部不在同一地区，分支机构除以本国资本和外国资本。国内分支机构的企业所得税由国家税务机关支付。付款，并向分支机构的国家税务机关签发汇款证明。
分公司通常必须经过国家和地方税务登记，并且可以申请批准的收款和内部审计收款。如果在本地付款，则应提供总部的“企业分支机构注册登记表摘要”。
分支机构应当按照《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条的规定，向营业所所在地的主管税务机关申报纳税。总公司和分支机构不在同一县（市）的，应当向各自所在地的主管税务机关报告。
经国务院财政税务部门或其授权的财政税务部门批准，总行可以集体向总行所在地的主管税务机关申报纳税。因此，如果分支机构已通过税务登记，则是独立的增值税纳税人，应分别申报和缴纳增值税。
经国务院财税部门或者国务院授权的财税主管部门批准，未办理税务登记的，总公司应当共同缴纳增值税。
扩展数据
从表面上看，总付款的实现只是税收方法的一种改变。但是，由于总付款，每个机构的损益都可以互相抵消对方的所得税，这部分减少了总企业的应纳税额。税收优惠。
这种方法的优点在于，它可以真实反映企业集团的财务状况，并可以更合理地计算企业集团征收的所得税。但是，总付款使税务机关更难以管理和监视企业集团的税收，而且更有可能发生税收漏洞。
跨省，市级分支机构缴纳的企业所得税，由中央和地方共享，实行“统一计算，分级管理，地方预付款，简易清算，“财政库”的做法。
在总部计算的当期应税金额的本地份额部分中，总部所在地份额为25％，每个分支机构场所份额为50％，根据一定比例。
统一计算意味着居民企业应计算所有企业（包括所有非合法商业组织）的应税收入总额和应纳税额。总公司，分支机构适用税率不一致的，按照适用税率计算应纳税所得额。
分级管理是指居民企业的总部和分支机构，由当地税务机关监督和管理。
就地预付款是指居民企业的总部和分支机构，应按本办法规定的每月或每季度向当地主管税务机关申报并预付企业所得税。 。
摘要清算是指总行在当年年底后计算的年度应纳税所得额和应缴所得税额，由当年总行和分行支付的预付企业所得税所抵销付款后，将获得更多退款。
财政库存调整是指财政部根据批准的系数，定期调整分配给中央省财政部省际和市级分支机构的企业所得税的税率。
扩展配置文件：
总部和分支机构所得税预算主题
02项“股份制企业分支机构的会计和清算所得税”，03项“港澳台和外资企业的分支机构的会计和清算所得税”，以及99项“其他企业分支机构的会计和缴纳所得税”，有关相关主题和其他修订的说明，请参阅“ 2013政府收入和支出分类主题”。
参考：百度百科-跨省总部企业所得税分配与预算管理办法