是的，具有不同法人资格的公司应分别缴纳企业所得税，除非总公司只有经税务局批准才能共同缴纳
例如，
A和B都是C的子公司，现在A将被合并为B。A公司仅在合并时支付应付的企业所得税。
所谓的综合纳税，是指在支付了大型企业集团的母公司和子公司的损益后，
财政部和国家税务总局发布通知，宣布自2009年1月1日起，将在新的企业所得税法实施后保持其合并纳税状态的106家大型国有企业将终止其合并缴纳企业所得税的资格。一个
简易税如果
，居民企业在跨地区（指省，自治区，直辖市）和跨地区不具有法人资格的商业机构或地方（以下称为分支机构）成立，并且计划分开的城市），居民企业应汇总纳税人。
两者之间的区别：
合并税的当事方是大集团下的独立公司法人实体。新的企业所得税法实施后，合并税从今年起取消。一个
从上面可以看出，合并的税款现在已被取消。人为化您的业务形式完全符合总纳税额的定义。您的总部应向县税务局申请总税，这是允许的。
合并税，是指母公司对子公司的年度企业所得税申报表合并，统一申报缴纳企业所得税的年度应纳税所得额和应纳税所得额的计算方法。根据法人所得税的原则，母子公司应作为独立纳税人分别缴纳所得税，企业之间不应当共同缴纳企业所得税。
当前的国内公司所得税法规定，符合某些条件的集团公司的母公司允许合并缴纳所得税。目前，它基本上仅限于国务院批准的试点大型企业集团，母公司拥有该子公司的100％股权。当前的外商投资企业所得税基本上由法人确定，由纳税人确定，因此没有母公司和子公司合并纳税。新税法实施企业所得税制度后，企业的独立会计分支机构将自动汇总到法人（总部）缴纳所得税。但是，为了鼓励企业做大做强，借鉴世界上一些国家允许一些母子公司合并纳税的做法，实现了法人的最终税负。条件将是非常严格的，因为新税法是法人所得税制度，而法人作为独立纳税人是基本原则。
对于非独立会计分支机构，则需缴纳企业所得税。一般来说，总公司的企业所得税是单独缴纳的。
您可以参考中华人民共和国国家行政总局2012年第57号公告的有关规定，但北京某些区县的实施标准有所不同。向总部的税务部门申请分支机构时，请咨询您的办公室并遵循要求。。
国家税务总局关于发布《跨区域营业税金征收企业所得税管理办法》的公告（国家税务总局公告2012年第57号）：第三条征收集体税企业实行“统一计算，“分类管理，现场预付款，简易清算以及企业所得税征收管理的财政调整管理方法：
（1）统一计算是指总公司计算应税所得总额和应纳税额，包括所有在纳税企业中没有法人资格的分支机构。
（2）分级管理是指负责总部和分支机构所在地的税务机关负责当地机构的企业所得税管理。总公司和分支机构应由机构所在地的税务机关管理。
（3）现场预付款是指总部和分支机构应按照《办法》的规定，每月或每季度向当地主管税务机关申报公司所得税的预付款。
（4）总体清算是指在年底之后，总公司统一计算纳税人的年度应纳税所得额和应纳税所得额，并冲抵当年分期支付的总公司和分支机构。企业所得税缴纳后，将退还更多。