支付给员工的年假工资补贴应缴纳个人所得税。
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应计入税款，因为薪金收入超过3500，并且税款的一部分计为税款。五险一金的部分不征税，即工资减去五险一金的工资不超过3500且不征税。
根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第八条和第十条，工资薪金是指个人取得的工资，薪金，奖金，年终工资增长，劳动红利和津贴。为他们的就业或就业，与就业或就业有关的补贴和其他收入。个人收入的形式包括现金，实物，有价证券和其他形式的经济利益。因此，因未领取带薪年假而从其受雇单位获得补贴的个人应纳入月薪并缴纳个人所得税。