签署补充协议并不决定如何纳税。它是税法中规定的，并按照政策纳税
企业收到政府分配的拆迁补偿资金，并作为“专项应付款”计算。拆迁补偿押金的利息将转入“特殊应付款”。因搬迁而出售，报废或损坏的固定资产，计入固定资产清理业务，其净损失冲减为“专项应付款”；因拆卸，运输，重新安装和调试而导致的机械设备成本直接核销。“特殊应付款”；用于结清员工的支出，直接核销“特殊应付款”。企业搬迁后，如果“特殊应付款”中有余额，则将增加“资本公积金”，并由所有股东共享额外的“资本公积金”。。
根据《财政部关于企业分配政府补偿安置资金的财务处理问题的通知》（财企[2005] 123号）：
1.企业收到政府分配的搬迁补偿资金，并将其计算为专项应付款。拆迁补偿押金的利息将转入特殊应付款。
其次，企业在搬迁和重建过程中产生的损失或费用应按照财政部的下列文件处理：（一）因搬迁而出售，报废或损坏的固定资产列为固定资产清洁业务。冲销专项应付款净损失； （二）直接冲销因机器设备拆卸，运输，重装，调试等引起的机器设备费用的专项应付款； （3）企业因搬迁而损失的，原本仅是一项资产已记录的土地使用权应直接冲减专项应付款； （4）安置职工的费用，直接核销专项应付款。
3.企业搬迁后，如果特殊应付款有余额，则增加资本公积。增加的资本公积金将由全体股东分担；特别应付款项不足的，计入当期损益。企业从政府获得的拆迁补偿金的总额，以及拆迁后资本公积或当期损益中包括的金额，应当分别披露。
关于政府拨付搬迁补偿费的财务处理问题的通知
（财企[2005] 123号）
根据一些地方和企业的报告，由于城市规划和库区建设等公共利益而需要搬迁，企业从政府那里获得了相应的补偿。相关财务处理规定不明确，执行不便。为此，以下是关于政府分配给有关企业的拆迁补偿资金的财务处理的通知：
2.企业搬迁和重建期间发生的损失或费用，应按照财政部的下列文件处理：
（1）因搬迁而出售，报废或损坏的固定资产记为固定资产清理业务，并冲销了其净损失的特殊应付款；
（2）机器，设备因拆卸，运输，重新安装，调试等产生的费用直接冲销了特殊应付款；
（3）因搬迁而失去的土地使用权，已单独记录为资产的土地使用权直接冲销了特殊应付款；
（4）直接冲销专项应付款，用于安置职工的费用。
3.企业搬迁后，如果特殊应付款有余额，则增加资本公积。增加的资本公积金将由全体股东分担；特别应付款项不足的，计入当期损益。
企业收到的政府结算的搬迁补偿金总额，以及搬迁后包含在资本公积或当期损益中的金额，应分别披露。
财政部和国家税务总局关于企业政策转移收入的企业所得税处理的通知
财税[2007] 61号
为了支持城市的规划和转型，经过研究，与公司政策搬迁收入的公司所得税处理有关的问题现在如下：
1.本通知所述的政策搬迁收入，是指因地方政府城市规划和基础设施建设，搬迁企业按照规定标准从政府获得的搬迁补偿收入，以及通过市场（招标，拍卖，列表等）
2.对于企业获得的政策搬迁收入，企业所得税应按以下方式处理：
（1）根据搬迁规则，被搬迁企业使用其搬迁收入购买或建造与搬迁前具有相同或相似性质和目的的固定资产和土地（以下简称“置换”）。固定资产），以及进行员工的技术改造或安置允许被拆迁企业的搬迁收入扣除固定资产重置，技术改造和人员安置的费用时，其余额应计入企业应纳税所得额。
（2）由于生产经营方向的变更等原因，企业未使用上述搬迁收入代替固定资产或技术改造，而是将搬迁收入用于购买其他固定资产或其他技术改造项目。相关费用从企业的政策搬迁收入中扣除，余额计入企业应纳税所得额。
（3）被拆迁企业没有固定资产重置，技术改造或购买其他固定资产的计划或项目报告，应将拆迁收入增加到各类拆迁固定资产的销售收入中，并扣除拆除固定资产折旧价值和处置费用后的余额计入当年企业应纳税所得额，计算并缴纳企业所得税。
（4）被搬迁企业使用政策性搬迁收入购买的固定资产可以按照现行税法进行折旧或摊销，并在扣除企业所得税之前扣除。
（5）在计划搬迁的第二年起的五年内，搬迁企业获得的搬迁收入不计入该年度的企业应税收入。规定扣除有关费用后，余额计入当年搬迁企业的应纳税所得额，并缴纳企业所得税。
3.对于符合西部大开发优惠企业所得税政策的搬迁企业，高新技术企业等，在取得企业的搬迁收入时，在审查企业享有的享受条件时与主营业务收入占总收入的比例有关的税收优惠政策不计入公司的总收入。
第四，主管税务机关应加强对企业获得的政策搬迁补偿收入和原始工厂土地出让收入的管理。重点检查是否有政府搬迁文件或公告，是否有搬迁协议和搬迁计划，是否有技术改造和企业固定资产置换的计划或项目，技术改造，固定资产置换和购置是否其他固定资产在规定期限内进行资产等
第五，本通知发布前的税收待遇不再调整；未进行税收处理的，按照本通知规定执行。
请按照说明进行操作。
财政部国家税务总局
2007年5月18日