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污水处理业务属于增值税应税项目，但根据财税[2008] 156号文规定，标准污水处理服务免征增值税。相应地，免征增值税项目的进项税额也不能扣除。
污水处理费的依据是补偿污水管和污水处理设施的运营和维护成本以及合理的盈利能力。污水处理费的税收类型为从事符合条件的环境保护项目的收入。自获得项目的第一笔生产经营收入的纳税年度起，从第一年至第三年，第四年至第六年免征企业所得税公司所得税每年减半。污水处理费的收费人与付款人具有合同关系或委托关系。
通常，污水处理费已包含在水费中。水费包括基本水费，城市附加费，水资源费，污水处理费，南水北调资金，水厂建设费和省专项费。（组成根据省市收费而有所不同）
同时根据《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令2008年第538号）
第10条规定，用于购买免税物品的商品或应税服务的进项税，不得从销项税中扣除。