根据国家税务总局关于跨区域建设企业所得税征收管理问题的公告（国税函〔2010〕156号），跨区域项目部门直接建筑企业总公司管理应当以项目为基础总部将实际营业收入的0.2％按月或按季度预分配给项目所在地，以征收企业所得税，并由项目部门预付给当地主管税务机关。
由建筑企业第二级或下级分支机构直接管理的项目部门（包括与项目部门性质相同的项目总部和合同部门，下同）不预先支付企业收入现场税收及其营业收入2.职工的工资和总资产应汇总到二级分支机构进行统一核算，二级分支机构应按照规定的办法预先缴纳企业所得税。
如果总公司既有直接管理的跨地区项目部门又有第二级跨地区分支机构，则将先扣除由项目部门预付的企业所得税，然后再扣除总公司和分支机构应按规定计算。税
3.关于结算和结算
总纳税企业应自年底起5个月内，计算总行应缴的年度所得税，扣除总行及分支机构缴纳的税款，并计算应纳税额退税，应按规定的分摊方式计算总公司和分支机构应缴纳的企业所得税，总公司和分支机构应当场办理储税或退税。
如果纳税人在纳税年度内预付的企业所得税少于全年应缴纳的企业所得税，则总公司和分支机构应在结算期间分别清算应缴纳的企业所得税预付税款超过应纳税额的，主管税务机关应当分别按照有关规定或者经总公司，分支机构批准及时办理退税，以抵销其在下次应纳的企业所得税。年。
注意：分支机构还需要提交公司所得税年度纳税申报表，其格式基于公司所得税月（季度）预付款纳税申报表。同时，必须附上《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分配科分配表》。