分公司的增值税在深圳本地申报并缴纳。分公司新成立的企业所得税办事处由总行在当年收取并支付，总行于次年在深圳发行分配表。在年底，总公司向公司收取费用。具体研究文件是国家税务总局关于清理跨地区企业所得税汇总表的文件每年发行100份税务申报的税务部门的公告。国家税务总局公告2013年第44号国家税务总局关于印发《跨区域营业税金征收企业所得税管理办法》的公告国家税务总局2012年第57号公告
关于二级分支机构的确定。《国家税务总局关于跨地区营业税金征收和管理企业所得税若干问题的通知》（国税函〔2009〕221号）规定，二级分支机构由总行统一归总公司所有。财务，业务和人员会计并管理了为非法人获得营业执照的分支机构。
总公司应立即向总公司所在地的主管税务机关报告其支行清单，并及时向其支行签发有效证书（证明材料包括总行“拨款证明和总分机构协议或合同，公司章程，管理系统等）。
第二级分支机构应在税务登记期间向当地主管税务机关提交非公司法人的营业执照（复印件）和总公司出具的第二级分支机构的有效证书。地方税务主管部门应当对二级分支机构进行审查和评估，并敦促它们及时预缴企业所得税。
以总公司名义生产和运营的非法人分支机构无法提供有效证据证明其分支机构在第二级或以下级别的地位。《国家税务总局关于印发〈跨地区营业税缴纳企业所得税征收管理暂行办法〉的有关规定》（国税发〔2008〕28号）。
根据上述规定，2010年新成立的跨省第二级分支机构不在现场预缴企业所得税。二级分支机构在纳税登记时，应当向当地主管税务机关提交非法人的营业执照（复印件）和总公司出具的二级分支机构的有效证明。总部根据国税发〔2008〕28号第33条的规定，“总部应当提供其所有二级分支机构（包括无参与预付费分支机构）和第二级主管税务机关的信息。级分支公司的邮政编码和地址应报告给主管税务机关备案。 ”
这个问题很难回答。具体请参见国家税务总局公告2012年第57号和财税[2012] 40号文件，国税发[2008] 28号文件。
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新成立的二级分支机构在成立之年将不缴纳企业所得税。
从第二年（而不是第二年末）开始，分支机构将需要每季度或每月（通常每季度一次）预缴公司所得税。
具体方法是，总行根据各分支机构应分摊的比例，将当期应交企业所得税的50％分配给各分支机构，并及时通知各分支机构；每个分支机构应在每个月或每个季度结束后的15天内在现场宣布预缴其评估的所得税。
当纳税企业收集并结清其帐户时，总部除了应提交企业所得税年度纳税申报表和年度财务报表外，还应提交纳税人的分支机构所得税分配表和年度财务报表每个分支机构参与公司年度纳税调整的说明；除提交公司所得税的年度纳税申报表（仅列出了某些项目）外，分支机构还应提交总部所在地主管税务机关已接受的纳税企业的分支机构机构所得税分配表，分支机构的年度财务报表（或年度财务状况以及业务收入和支出），以及分支机构参与公司年度税收调整的说明。
有关分支机构参与企业年度税收调整的说明，请参阅企业所得税纳税年度申报表所附的“税收调整项目清单”中列出的项目。没有解释。
如果分支机构未能按照税收分配额预缴所得税，导致税收少缴，主管税务机关应按照《征收管理法》的有关规定予以处罚，并通知主管部门。总部所在地税务机关的处罚。
如果分支机构受到主管税务机关的检查和补偿，则第二级分支机构应将已缴所得税的50％分配给总部，其中25％应在现场支付定金，现场全额的25％存入中央国库； 50％分配给第二级分支机构以处理该地点的存款。具体纳税程序按照财税〔2012〕40号第五条和其他有关规定执行。
简而言之，这比原始规定要麻烦一些。请自己仔细阅读以上文件。