个人独资企业应当按照第二个税率表计算。
个体企业应每月，每季度或每半年支付一次个人所得税，并且需要进行年度清算。
付款时：
个体企业不缴纳企业所得税，而是缴纳个人所得税。比较个人所得税法的“个体工商户的生产经营收入”应税项目，适用五级超额累进税率5％-35％来计算个人所得税（月发票少于30,000，免征增值税）。
税务机关可以通过两种方式对独资企业征收个人所得税：
首先，检查并收集
适用于具有完整会计核算的人，每个纳税年度的总收入，扣除成本，费用和亏损后的余额为应税收入，然后是根据个人收入确定的税率表中的相应税率税计算应纳税额。
第二，批准的收藏
根据国家税务总局关于发布《企业所得税核定征收办法》的规定，应纳税所得额是将企业的销售收入乘以应纳税所得额，具体的收取方式由主管税务机关确定。
扩展配置文件：
根据《中华人民共和国个人所得税法》第3条，适用的个人所得税税率为：
1.对于综合收入，适用3％至45％的超额累进税率（附税率表）；
2.对于企业收入，适用5％至35％的超额累进税率（附税率表）；
3.利息，股息，股息收入，财产租赁收入，财产转让收入和意外收入应按20％的比例税率缴税。
根据《中华人民共和国个人所得税法》第6条，个人应税收入的计算公式为：
1.居民个人的综合收入，是指在扣除每个纳税年度的支出余额人民币60,000元，专项扣除，专项附加扣除和其他依法确定的扣除后，应纳税所得额为基础的应纳税所得额。
2.营业收入应为每个纳税年度的总收入减去成本，费用和损失后的应纳税所得额。
参考：全国人民代表大会网络-中华人民共和国个人所得税法
参考：百度百科全资个体企业