营利性医院必须付费
非营利性医院无需付费
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《国家税务总局国家税务总局关于企业扣除工资，薪金和职工薪酬有关问题的通知》（国税函〔2009〕3号）第3条第2款规定：政府发放的各种补助和非货币性福利，包括企业支付给职工的城外医疗费用，未进行医疗咨询的职工医疗费用，职工直系亲属医疗补助，取暖补贴，和防暑费用，员工辛苦补贴，救济费，员工食堂资助，员工交通补贴等。”
因此，每年组织员工进行身体检查属于组织的范围，这可以扣除公司所得税前的员工福利费用（不超过总工资的14％）。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条，“企业的下列所得为免税收入：
（1）国债利息收入
（2）符合条件的居民企业之间的股息，股息和其他股权投资收益
（3）在中国设有机构和场所的非居民企业从居民企业获得与股本和场所实际相关的股利投资收益，如股息和红利
（4）合格的非营利组织的收入。”
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第85条规定：“合格的非营利组织的收入不包括从事营利性活动的非营利组织的收入活动，但国务院财政税务部门除非部门另有规定。 ”
此外，根据财政部和国家税务总局关于非营利组织“企业所得税免税收入的通知”（财税[2009] 122号），“营利组织免税收入：
（1）从其他单位或个人获得的收入
（2）《中华人民共和国企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括政府购买的收入
（3）根据省级以上民政，财政部门的规定收取的会费
（4）非应税收入和免税收入滋生银行存款利息收入
（5）财政部和国家税务总局规定的其他收入。”
因此，医院被认为有资格获得非营利组织的上述符合条件的收入免征公司所得税。