根据国家税务总局关于跨地区营业税金征收和管理企业所得税若干问题的通知国税函〔2009〕221号
不在同一县，市的，应当分别缴纳增值税。公司所得税应提交总部总部税务局，以取得公司所得税摘要付款申请表。上级税务机关批准后，第二级以下分支机构不得申报企业所得税。
以四川省为例，根据《关于印发《四川省区域总部企业所得税分配和预算管理暂行办法的通知》》，该市总部企业所得税的申报流程为：如下：
根据统一规定的原则，并考虑到总公司和分支机构以及该省的利益，属于省内总分公司和县分公司的企业应缴纳的企业所得税县市财务管理系统，实行“统一计算分级管理”，“现场预付款，简要清算和财务调整”。
总公司当前应纳税额是总公司所占份额的25％，每个分支机构（包括总公司所处位置）的总应纳税额为25％，已支付的应纳税额的25％省级分配的收入由省财政按一定比例在城市（县）和试点县（市）之间分配。
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分享范围和分享比例
根据川府发[2014] 9号文件，中央政府和地方政府共同承担的企业所得税占中央政府财政份额的60％，占地方省市的40％ ，而扩大电力的试点县（市）为35个。：比率为65，并且该省不参与三个州和内陆民族自治县（包括民族待遇县）（以下简称“民族地区”）的公司所得税共享。
参考资料：百度百科全书-四川省跨地区总公司企业所得税分配与预算公告