土地闲置费可以在扣除企业所得税之前扣除为开发成本，但不能在土地增值税之前扣除。
《关于清理土地增值税的通知》第四条不扣除房地产企业因逾期开发而支付的土地闲置费。
企业的税前扣除应遵循合法性原则。《闲置土地处置办法》（国土资源部令第53号）规定“生产成本中不包括土地闲置费”。
因此，企业自2012年7月1日起支付的土地闲置费不能扣除税前。
税法规定：《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》（国税发〔2009〕31号）规定：土地闲置费已包括在开发产品的应税成本中，并在税前扣除。”
土地闲置费应在会计处理过程中计入当期损益，但税法与会计处理方法之间存在明显差异。该费用应在扣除税前以及开发产品时收取，并计入开发产品的“税收”成本中为了逐步结转成本，应在年度企业所得税申报中调整税额差异。