原则上，未在税务部门进行合并纳税申报和备案的单位应当在其管辖的税务部门分别缴税。
除内资独立会计分支机构外，其他分支机构的企业所得税由总行或会计地点统一缴纳。具有内资企业独立核算的分支机构在分支机构所在地缴纳企业所得税。最终结算和结算与其他独立纳税人相同。经国家税务总局批准，总公司也可以集体缴纳企业所得税。1.内资非独立会计分支机构所得税的结算和清算根据《企业所得税暂行条例实施细则》，不能同时满足以下条件的分支机构为非独立的会计分公司：1）在银行开设结算账户； 2）独立建立账簿和编制财务会计报表； 3）独立计算损益等非独立会计分支机构的所有收入和成本都包含在总部（或会计地点）帐户中。在这种情况下，损益在会计地点统一计算，按照规定预缴所得税，并支付年末外汇结算，无需批准。换句话说，非独立会计分支机构不涉及所得税问题。（二）独立核算分支机构的所得税结算和缴纳总额的缴纳，按照《国家税务总局关于规范企业收入集体和合并缴纳范围的通知》的规定进行独立核算。税”（国税函〔2006〕48号）。公司分支机构可以由总公司集体缴纳企业所得税。根据国税发〔2001〕13号的规定，总行和分支机构分别计算损益，总行于年末集体清算并共同缴纳企业所得税。具有独立会计的分支机构是独立所得税纳税人。只是一起纳税时，纳税地点不同，可以在冲减损益后缴纳税款。