根据国税发[2008] 120号的规定：
根据2008年，在2008年底之前，由国家税务总局和地方税务局管理的企业所得税纳税人将不作调整。自2009年以来新增的企业所得税纳税人中，企业所得税由应纳税的企业管理，企业所得税由地方税务局对应征营业税的企业进行管理。
同时，从2009年开始，以下新增企业的所得税征收和管理范围如下：
（1）中央所得税由中央税收全额支付的企业和在国家税务总局缴纳营业税的企业，应由国家税务总局管理。
（2）银行，银行（信用合作社），保险公司和保险公司的企业所得税由国家税务局管理，除上述规定外的其他类型的金融企业的企业所得税为：由地方税务局管理。
（3）外商投资企业和外国企业常驻代表机构的企业所得税仍由国家税务总局管理。
《国家税务总局关于调整新增企业所得税征收和管理范围的通知》（国税发〔2008〕120号）。
1.基本规定
以2008年为基准年，由国家税务局和地方税务局管理的企业所得税纳税人将在2008年底之前不进行调整。自2009年以来新增的企业所得税纳税人中，企业所得税由应纳税的企业管理，企业所得税由地方税务局对应征营业税的企业进行管理。
2.有关特定问题的规定
（4）同时缴纳增值税和营业税的企业，原则上应根据其在税务登记期间申报的主营业务应缴纳的营业税，确定税收的征收和管理方式；一般而言，以工商登记中规定的第一项业务为准；一经确定，原则上不得调整。
贵公司属于同时缴纳增值税和营业税的企业，原则上根据税收登记过程中自行申报的主营业务应缴纳的营业税来确定征收和管理税的归属；，通常以工商注册中指定的第一项业务为准。即：第一笔业务属于地方法人所得税征收的营业税；第一项业务是由国家征收的企业所得税缴纳增值税。
关联公司和股份公司缴纳的所得税，地方银行和非银行金融公司缴纳的所得税，离岸石油公司缴纳的所得税，资源税，外资企业和外国公司的所得税以及证券交易税（在对证券交易征税之前）征收印花税），对储蓄存款利息收入，滞纳金，补充税和中央税的罚款征收的个人所得税部分。
2。地方税务局系统：营业税，城市维护建设税（不包括国家税务局系统征收和管理的上述部分），地方国有企业，集体企业，私营企业，已交所得税，个人所得税（不包括银行储蓄存款的利息收入征税），资源税，城市土地使用税，耕地占用税，土地增值税，房地产税，城市房地产税，车辆和船舶使用税，车辆和船舶使用许可证税，印花税，契税，屠宰税，宴税，农业税，畜牧业营业税及其地方附加费，地方税的滞纳金，补充税和罚款。
为了加强税收征收管理，降低税收征收成本，避免跨部门任务，简化税收征收程序并为纳税人提供便利，在某些情况下，国家税务总局和地方税务局可以相互委托进行税收征收某些税。此外，在特殊情况下，国家税务总局将对某些税收征收制度作出特殊安排和调整。
因此，当纳税人涉及应针对特定税种支付哪种税制的问题时，应以当地国家主管税务机关和地方税务机关的实际分工和特定要求为准。