花卉苗木属于增值行业，根据《企业所得税法》的规定，企业所得税应缴纳一半。花苗合作社办理税务登记证后，应当建立账簿，记录账目，并向当地税务机关申请。具体程序和材料应咨询当地税务机关。
根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第86条的规定（中华人民共和国国务院第512号令）：畜牧业和渔业项目的收入可以免征或减少公司所得税，这意味着：
（1）从事下列项目的企业的收入免征企业所得税：
1.种植蔬菜，谷物，土豆，油料种子，豆类，棉花，大麻，糖，水果，坚果；
2.培育新的农作物品种；
3.中药材的种植；
4.森林栽培和种植；
...
（2）从事下列项目的企业的收入应按企业所得税的一半缴纳：
1.种植花卉，茶和其他饮料作物以及香料作物；
2.海洋水产养殖和内陆水产养殖。
从事受国家限制和禁止开发的项目的企业，不得享受本条规定的企业所得税优惠。”
根据国家税务总局关于实施农，林，牧，渔业项目企业所得税优惠政策的公告（国家税务总局2011年第48号公告）：水产养殖的税收待遇
企业将在自己或租借的地点重新种植和种植购买的农，林，牧和渔业产品，以进行育肥，育苗等。在一定的生长周期后，其生物形态将发生变化，而且不是如果本节农产品加工价值大幅度提高，则产品的使用价值明显增加，可视为具有相应税收优惠的农产品种植繁育项目。
如果主管税务机关无法确定企业的农作物再种植和育种是否满足上述条件，则可能需要企业提供农业，林业，畜牧业主管部门的确认书。县级以上渔业。”