根据《财政部，国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》，财税发〔2000〕42号：
1.非营利医疗机构的税收政策
（1）非营利性医疗机构应免除按照国家规定的价格获得的医疗服务收入的所有税款。未按国家规定的价格获得的医疗服务收入可能无法享受本政策。
医疗服务是指检查，诊断，治疗，康复并提供预防保健，分娩和计划生育服务，以及提供与医疗相关的药品，医疗材料，救护车和其他服务的医疗服务机构这些服务。病房住宿和饮食业务（下同）。
（2）对从事非医疗服务的非营利性医疗机构所赚取的收入，例如租金收入，财产转让收入，培训收入，外商投资收入等，应征税。非营利性医疗机构将直接利用非医疗服务收入改善医疗卫生服务条件。税务部门审核批准后，可以抵扣应纳税所得额，对剩余部分征收企业所得税。
该文档仍然是有效文档。因此，新所得税法实施后，非营利性医疗机构的医疗服务收入免征企业所得税。
1.根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》（以下简称《条例》）和实施细则，以及财政部和国家税务总局财税字（97）75号”关于事业单位和社会团体征收企业所得税有关问题的通知（以下简称“通知”）的有关规定，医疗卫生机构应当按照规定申报缴纳企业所得税。但是，实际上很少征收，特别是对于非营利组织。但是，如果还有其他应税收入，例如房屋租金收入等，则应缴纳所得税。
第二，公共机构和社会组织的税收，财政部和国家税务总局于1997年发布了“通知”，国家税务总局发布了“公共机构，社会组织和私人非政府组织企业单位”（1999年）。《企业所得税征收管理办法》（以下简称《办法》），但在实际征收管理中仍然存在许多问题。我们认为，有些政策还不够完善。
（1）公司所得税免税方面。
医院的收入主要包括五项：①财政补贴收入； ②上级补助收入； ③医疗收入； ④药品收入； ⑤其他收入（包括培训收入，救护车收入，废钢价格变动收入以及无用收入）受限制的捐款和外国投资收入，利息收入等）。比较“通知”和“措施”，我们认为：
1，①②是免税收入。《通知》第二条第二款规定：事业单位从主管部门和上级单位获得的业务发展专项补助收入，免征企业所得税。拨款收入免征企业所得税。
2.对第③项是否已征税存有疑问。《通知》第二条第三款规定：国务院，省人民政府批准或者省财政计划部门联合批准的行政收费，包括在财政预算管理或预算外专项管理中资金应免除征收企业所得税。该规定具有三层含义：第一，必须是管理费；第二，必须是管理费。第二，必须是经国务院，省人民政府批准或者由省财政计划部门联合批准的收费项目；第三，费用收入必须包括在财务预算管理中或预算外资金的特别账户管理。与该法规相比，关于医疗收入的三个问题需要澄清：
（1）医疗收入是管理费还是营业收入？
（2）免税项目是否包括省级财政和“价格”部门共同批准的医疗收费项目？
（3）《办法》中的“企业所得税免税”项目不包括“省级财政和计划部门的联合批准”。从1999年起省级财政和计划部门共同批准的收费项目是否免税范围？
3.《营业税暂行条例》第8条免征营业税：（3）医院，诊所和其他医疗机构提供的医疗服务；
《财政部和国家税务总局关于非营利组织管理免除资格有关问题的通知》（财税[2009] 123号）规定，经非营利组织批准设立或注册的非营利组织。符合某些条件的主管当局可以税务机关提出免税资格。识别后，符合《财政部和国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入的通知》（财税[2009] 122号）规定的收入免征公司所得税。未取得免税证明的，已经取得的全部收入，或者已经取得免税证明的，但是其收入不满足免税收入条件的，应当缴纳企业所得税。
2.非营利医疗机构的税收政策
非营利性医疗机构的政策是：
（1）根据国家规定获得的医疗收入免收各种税款，并且未按国家规定的价格获得的收入不符合本政策的资格。
（2）从事非医疗服务的收入应按照规定缴纳各种税款。
（3）非营利性医疗机构将直接使用医疗服务收入来改善医疗状况。经税务部门批准，他们可以扣除应纳税所得额，并从其余额中征收企业所得税；
（4）非营利性医疗机构自行使用房地产，土地，车辆和船舶，则免征房地产税，城市土地使用税以及车辆和船舶使用税。
3.营利性医疗机构与非营利性医疗机构之间的区别
1.不同的经营目标经营盈利性医疗机构的目标是使利润最大化。非营利性医疗机构的经营目标是针对特定的社会目标，而不是为了赚钱。
2.在不同的获利性医疗机构获利后，投资者可以支付税后利润。非营利性医疗机构的目标不是赚钱，但为了扩大医疗保健规模，它们也可以赚取适当的利润。利润只能用于自我发展，不能用于股息。
3.处置财产的不同方式。营利性医疗机构由于管理不善而终止服务，个人投资者可以处置其剩余财产；非营利性医疗机构终止服务后，其剩余财产只能由社会管理部门管理或由其他非营利性医疗机构处置。
4.收支平衡的用途营利性医疗机构的收支平衡用于投资者收益。非营利性医疗机构的收支平衡既不能用于投资者收益，也不能伪装成雇员使用。所有盈余和盈余只能投资于机构的重建，以购买设备，引进技术并开发新的服务可以为公民提供低成本的医疗和保健服务。
5.是否享受县级以上非营利性医疗机构的财产补助主要是有针对性的补助，由同等财政水平安排。营利性医疗机构没有任何财政补贴。
6.市场价格针对具有不同价格标准的营利性医疗机构提供的医疗服务进行了调整。医疗机构根据实际服务成本或市场供求情况独立确定价格。非营利医疗机构提供的医疗服务实行政府指导的价格。医疗机构应当按照主管部门设定的基准价格并在其浮动范围内确定其单位的实际医疗服务价格。编辑介绍了为非营利性医疗机构缴纳所得税的问题。只要有收入单位或个人应缴纳所得税，但考虑到某些行业的特殊性，一些非营利性服务型单位的所得税也相对减少或减少，这也是鼓励和支持非营利性医疗机构鼓励他们继续为社会提供优质服务。